Богоявленский храм был заложен в годовщину спасения цесаревича в Оцу (29 апреля 1892 г.), вчерне готов в 1897 г. 29 апреля 1899 г. митрополит Антоний (Вадковский) и праведный Иоанн Кронштадтский освятили главный придел, 18 июля был освящён придел преподобного Иоанна Постника, названный в честь небесного покровителя жертвователя, потратившего на строительство и убранство 300 тыс. руб. Одноглавый центричный храм в московском стиле XVII в. завершён огромным барабаном с гигантской луковичной главой и шатровой со слухами колокольней над притвором. Исследователи полагают, что его композиция была заимствована зодчим из проекта церкви Христа Спасителя на месте крушения в Борках (Роберт Робертович Марфельд, 1891–1894 гг.; не сохранилась). План здания близок к крестообразному, более вытянут по линии «запад-восток». Высокая паперть с гранитной лестницей, ограниченной такими же рундуками, через перспективный портал ведёт в притвор с колокольней над ним, далее расположены трапезная, основной объём и алтарь. Северный и южный приделы завершались барабанами с шатрами, луковичными главками и прорезными крестами. В центре охватывающей алтарь низкой галереи – часовня с лестницей, ведущей в усыпальницу. В декоре Богоявленской церкви были использованы узорочье, созданное путём тёски или с помощью лекального кирпича, различные приёмы кладки, майоликовые изразцовые фризы, заполнения полей кокошников полихромными рисунками заводов Матвея Сидоровича Кузнецова (на его же фабрике был изготовлен одноярусный фаянсовый иконостас), мозаики мастерской Владимира Александровича Фролова; иконы для храма написал Андрей Михайлович Постников, фрески – Андрея Семёновича Славцов. Церковь закрыта в 1935 г., в аварийном состоянии возвращена в 1991 г., восстанавливается. В 1895–1904 гг. В.А. Косяков руководил постройкой одного из самых значительных храмов России периода царствования императора Николая II – придворного собора апостолов Петра и Павла в Петергофе с церковно-приходской школой и электростанцией по проекту архитектора В.Н. Султанова. Как «главный архитектор Петергофского собора» В.А. Косяков проявил себя выдающимся инженером-строителем. Собор представляет собой программное произведение «московско-ярославского» (или «романовского») стиля и отличается полихромией и уникальным узорочьем, характерными для XVII в. 15 августа 1895 г. состоялась закладка церкви Успения Пресвятой Богородицы на подворье Киево-Печерской лавры в Санкт-Петербурге, которая строилась по проекту лично наблюдавшего за постройкой В.А. Косякова при участии Б.К. Правздика (набережная Лейтенанта Шмидта, 27). 18 декабря 1897 г. митрополит Киевский Иоанникий (Руднев) освятил главный придел, работы были завершены в 1900 г. Основной объём квадратной в плане церкви завершён массивным луковичным пятиглавием. С востока к нему примыкают три мощные полуциркульные апсиды, также завершённые луковичными главками, с запада – притвор (с крыльцом, выходящим на северную сторону и обращённым к набережной). Архитектор указывал, что «фасады здания проектированы кирпичные, в мотивах русской церковной архитектуры». Каждый фасад разделён мощными лопатками на три части, на них опираются четыре пересекающиеся арки, главный южный фасад, выходящий на набережную, выделяется за счёт большого окна.