Выполнил перестройку зданий Благовещенского синодального подворья с домовой Никольской церковью (восьмая линия Васильевского острова, 61; 1898–1899 гг.) в русском стиле XVII в. (освящена 18 декабря 1899 г.); утварь была изготовлена в Москве фабрикой Андрея Михайловича Постникова по рисункам В.А. Косякова. В.А. Косяков спроектировал два притвора к колокольне, иконостас и переделки в первом ярусе Крестовоздвиженской (Николо-Труниловской) церкви (Б. Посадская ул., 12; 1903–1905 гг., совместно с Августом Ивановичем Аккерманом; были осуществлены по проекту В.А. Косякова, не сохранились). В 1905–1908 гг. В.А. Косяков и Г.А. Косяков сделали проект надстройки третьего этажа над классицистическим зданием Николаевского дома призрения престарелых и увечных граждан (Расстанная ул., 20; 1831–1833 гг., архитектор Аполлон Феодосиевич Щедрин). Там была устроена новая Никольская церковь на 2 тыс. человек в стилистике русского ампира – единственный неокласcицистический церковный проект В.А. Косякова (освящена 7 декабря 1908 г.). В.А. Косяков является автором проекта деревянной Никольской церкви в посёлке Лебяжье. Построенная кронштадтскими лоцманами в 1902 г. и освящённая Иоанном Кронштадтским в 1903 г., она находится в обширном деревянном двухэтажном доме, богато декорированном накладной пропильной резьбой с элементами русской народной архитектуры. Исследователи предполагают, что В.А. Косякову и военному инженеру Николаю-Константину Карловичу Герле принадлежит проект Никольской часовни-церкви для отпеваний при Анатомическом институте Императорской военно-медицинской академии (1911 г.) в «русско-романском» стиле (восстанавливается с 2002 г.). Сохранились и гражданские сооружения В.А. Косякова в Санкт-Петербурге: в формах эклектики неоренессанса (доходный дом Я.А. Леванта, седьмая Красноармейская ул., 18; 1897 г.; надстройка дома при церкви святых Симеона и Анны, Моховая ул., 46; 1901 г.); рациональной архитектуры (здание первого реального училища императора Александра III, 12-я линия Васильевского острова, 5; 1900–1901 гг.); модерна (например, доходный дом П.Т. Бадаева, ул. Восстания, 19; 1904–1906 гг., совместно с Г.А. Косяковым); модернизированного неоренессанса (например, здание Благородного собрания, Итальянская ул., 27; 1912–1914 гг., совместно с Вл.А. и Г.А. Косяковыми). По воспоминаниям современников, В.А. Косяков был человек «мягкий, заботливый и в то же время принципиальный, руководствовался своей совестью и высокими идеалами», поддерживал неимущих студентов. Несмотря на то что в августе-октябре 1918 г. он был арестован, и его сын также находился в заключении, В.А. Косяков ходатайствовал перед Анатолием Васильевичем Луначарским о помиловании протоиерея Михаила Павловича Чельцова, Михаила Витольдовича Красовского, Александра Кондратьевича Павловского. В.А. Косяков умер от голода, был погребён на Новодевичьем кладбище, как полагают исследователи, у стен Казанской церкви, могила утрачена. После смерти В.А. Косякова правление Института гражданских инженеров отмечало, что его наследие может служить «неисчерпаемым материалом и лучшим образцом при занятиях подрастающих поколений русских зодчих». Выдающийся профессионализм В.А. Косякова способствовал развитию не только национального стиля, но и архитектурного образования в России. 10 октября 2007 г. у стен Казанского храма Новодевичьего монастыря состоялось торжественное открытие закладного камня в память 145-летия со дня рождения В.А. Косякова (проект А. Новикова). 21 июня 2008 г. на средства, собранные сотрудниками и студентами Санкт-Петербургского архитектурно-строительного университета, у западной стены Казанской церкви открыт памятник В.А. Косякову в виде стелы из красного гранита (автор Н. Кобцев).