Икона и её список в драгоценных окладах были похищены 11 апреля 1918 г. из Знаменского собора монастыря. Почти месяц спустя, 3 мая, они были найдены без риз в заброшенном Феодосиевском колодце близ монастыря. Рассказ о похищении иконы известен исследователям со слов насельника курского Знаменского монастыря иеромонаха Гермогена (Золенко), жившего в 1950 гг. на покое в Иерусалиме. Иконописец Шуклин, незадолго до этого писавший копию Курской-Коренной иконы без ризы, опознал её и отличил от списка, т.к. чудотворный образ без риз почти никто не видел. На Курскую-Коренную икону был одет запасной серебряный с голубой эмалью оклад, в котором она находится и в настоящее время. После занятия Курска в сентябре 1919 г. частями Добровольческой армии генерала Антона Ивановича Деникина в здании Дворянского собрания были найдены расшитые золотом футляры, в которых хранились чудотворный образ и его список (сведений о местонахождении списка Курской-Коренной иконы не имеется). 31 октября 1919 г., перед наступлением Красной армии, монахи Знаменского монастыря, покидая Курск вместе с частями Добровольческой армии, унесли Курскую-Коренную икону. В числе монахов были насельники Коренной пустыни архимандрит Варнава, иеромонах Гермоген, которому было доверено держать во время пути икону, и ещё десяток человек. Икону несли через Обоянь в Белгород, где монахов ждали Феофан (Гаврилов), епископ Курский и Обоянский, и настоятель монастыря архимандрит Иероним (Чернов), затем в Таганрог, Екатеринодар, Новороссийск. Там митрополит Антоний (Храповицкий) благословил вывезти Курскую-Коренную икону за пределы страны. 1 марта 1920 г. она была отправлена из Новороссийска через Константинополь в Фессалонику и далее в Ниш (Сербия). Затем четыре месяца Курская-Коренная икона пробыла в местечке Земун. По просьбе Петра Николаевича Врангеля 14 сентября 1920 г. её из Сербии вернули в Крым в Белую армию, а 29 октября 1920 г. с отступающими войсками Курская-Коренная икона покинула Россию. С 1925 г. икона находилась в русской Свято-Троицкой церкви в Белграде; в 1944 г., во время наступления войск Красной армии, икону вывезли через Вену в Мюнхен, затем в Женеву. В 1951 г. Курскую-Коренную икону перевезли в Нью-Йорк. В Женеве, куда Курская-Коренная икона из Мюнхена прибыла с митрополитом Восточно-американским и Нью-Йоркским Анастасием (Грибановским), иеромонах Киприан (Пыжов) после раскрытия иконы от поверхностных загрязнений (красочная поверхность была скрыта под копотью и грязью, доска сильно повреждена жуком-древоточцем) сделал её точную копию с воспроизведением всех повреждений оригинала. По благословению митрополита Анастасия (Грибановского) от нижней части чудотворной иконы отделили небольшую «щепочку», которую в серебряной оправе закрепили на копии. После произведённых работ на Курскую-Коренную икону снова одели оклад, для копии иноки Пимен и Алипий сделали аналогичный, но менее массивный оклад. Копию чудотворного образа привезли в Свято-Троицкий монастырь в Джорданвилле, а Курскую-Коренную икону вернули в Мюнхен, где она находилась в синодальном Владимирском соборе. В это время икону постоянно перемещали; она посетила многие города и страны Европы, где находились русские эмигранты. В 1951 г. икону из Мюнхена перевезли в основанную в 1950 г. Новокоренную пустынь, в 40 милях от Нью-Йорка, в окрестностях Мейопака, на землях загородного имения князя Сергея Сергеевича Белосельского-Белозерского. Но она пребывала там недолго, по настоянию митрополита Анастасия (Грибановского) её отправили в Нью-Йорк, где она сначала находилась в храме Знаменского синодального подворья, а с 1958 г. – в специально построенном Знаменском синодальном соборе. В Новокоренной пустыни икона пребывает в летнее время. В 2009 г. Курская-Коренная икона посетила Россию, с 12 по 23 сентября находилась в Москве в храме Христа Спасителя, затем в Курске, 2 октября была возвращена в Нью-Йорк. В 2012 г. Курскую-Коренную икону привозили во второй раз. Коренной пустыни в год её возвращения церкви (1989 г.) был подарен список Курской-Коренной иконы, написанный в мастерской Свято-Троицкого монастыря в Джорданвилле и вручённый митрополиту Курскому Ювеналию (Тарасову) представителем РПЦЗ. В 1990 г. возобновились крестные ходы из Курска в Коренную пустынь, совершаемые с этой иконой. Позже в крестных ходах стали носить чудотворный список Курской-Коренной иконы, освящённый в 1902 г. в Знаменском монастыре наместником игуменом Сильваном.