В 1994 г. Курковскому монастырю было передано 44 га пахотной земли. Осенью того же года начались реставрационные работы, были восстановлены ворота и каменная ограда, с 1995 г. осуществлялся ремонт Богородице-Рождественской церкви. Одновременно при Курковском монастыре была основана духовная семинария с пятилетним сроком обучения. 5 мая 1995 г. Синод РПЦ принял решение о возобновлении в Курковском монастыре монашеской жизни. С августа 1999 г. Курковский монастырь возглавляет архимандрит Силуан (Шалару). В 1998 г. в Курковском монастыре проживали шесть иеромонахов, два иеродиакона и 60 насельников-семинаристов, в 2011 г. – 24 насельника, в том числе два архимандрита, схиархимандрит, три игумена, три иеромонаха, три архидиакона, три иеродиакона, два схимонаха, шесть монахов, послушник; к маю 2015 г. – 58 человек, в том числе архимандрит, десять монахов, четыре иеродиакона, 29 монахов. В начале XXI в. Курковскому монастырю была передана территория бывшего пионерского лагеря, на которой устроили монастырское хозяйство. В этот период благодаря покровительству ЮНЕСКО в монастыре начались масштабные восстановительные и реставрационные работы. Однако ни в одном храме Курковского монастыря не сохранились оригинальные росписи интерьеров. В 2005 г. митрополитом Кишинёвским и всея Молдавии Владимиром (Кантаряном) в сослужении епископа Единецкого и Бричанского Доримедонта (Чекана) была освящена церковь святителя Николая Чудотворца. 26 ноября 2009 г. епископ Унгенский и Ниспоренский Пётр (Мустяцэ) совершил великое освящение церкви великомученика Димитрия Солунского. 10 октября 2011 г. в ходе визита в Молдавскую митрополию Курковский монастырь посетил Патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев), который совершил малое освящение церкви в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Завершены работы по реконструкции кладбищенской церкви во имя Всех святых. К маю 2015 г. продолжались ремонтно-реставрационные работы на старой мельнице, в братской трапезной Курковского монастыря и в трапезной церкви в честь Воздвижения Креста Господня. В здании бывшей резиденции митрополита предполагается разместить Кишинёвские духовные школы. Монастырь владеет 45 га земли, в том числе 22 га леса. Недалеко от Курковского монастыря есть скит во имя Трёх святителей с одноимённой церковью, располагающий своим подсобным хозяйством. Монахи также занимаются виноделием. Продукцией подсобного хозяйства пользуются монахи, паломники и малоимущие.