В конце 1940 гг., когда в Советском Союзе начался новый период массовых репрессий, многие из тех, кто подвергались преследованиям, скрывались в монастырях, в том числе и в Курковском монастыре. Священник Василий Цепордей, осуждённый на 25 лет исправительно-трудовых лагерей, в своих воспоминаниях писал, что часто получал посылки с продуктами от монахов Курковского монастыря. 8 марта 1947 г. духовный следователь протоиерей Пантелеимон Рыбальченко, по распоряжению епископа Кишинёвского и Молдавского Венедикта (Полякова) инспектировавший Курковский монастырь в период голода 1946–1947 гг., обнаружил, что «положение монастыря катастрофическое. Зерновых продуктов нет… 6 человек устроились на работу в леспромхоз, получают 500 гр. хлеба в день (остальные в монастыре – 200 гр.)… 4 души умерли от недоедания (по медсправке) и 10 дистрофиков, из которых 5 человек – третьей категории и 5 человек – первой категории». «Главной причиной тяжёлого экономического положения» Пантелеимо Рыбальченко считал «хозяйственную неорганизацию» нового настоятеля иеромонаха Иннокентия (Павловского), который «ещё осенью мог заготовить хлеба, но действовал самостоятельно и не слушал советов монастырского собора». По инициативе собора Курковского монастыря и по разрешению гражданских властей часть его помещений была временно отдана под госпиталь для дистрофиков. В июле 1947 г. Курковский монастырь подписался на заём на сумму 1 тыс. руб. Для нормального функционирования монастырского подсобного хозяйства в июне 1949 г. Курковский монастырь заключил договор с Оргеевской ветеринарной лечебницей на оказание её сотрудниками необходимой ветеринарной помощи жившим в монастыре животным. В ходе проводившейся в МССР в конце 1940 – начале 1950 гг. коллективизации крестьянских хозяйств и связанной с этим ликвидации чересполосицы монастырских и колхозных земель последняя не затронула земельные угодья Курковского монастыря, поскольку его земли «межуются с землями отдельных колхозов, а не вклиниваются в земли одного колхоза и не создают чересполосицы. Так, например, земельные угодья Курковского монастыря граничат с землями, с одной стороны, колхоза села Ватич, а с другой – села Николаево; с двух других сторон земли монастыря граничат с гослесфондом и земельными угодьями леспромхоза, занимающего часть монастыря». Между Курковским монастырём и соседними колхозами сложились взаимовыгодные хозяйственные связи. Так, колхоз «Заря» села Ватич обращался в обитель с просьбой об оказании помощи и сам помогал монастырю. В советские годы комплекс Курковского монастыря был признан памятником архитектуры, охраняемым государством. Летом 1952 г. на территорию Курковского монастыря, где размещался Оргеевский леспромхоз, было переведено из города Бельцы сельскохозяйственное спецучилище №1 (для девочек). В результате возникла ситуация, когда «250 взрослых девочек учениц названного училища (могли) беспрепятственно общаться с монашествующими».