В 1942–1943 гг. были отремонтированы два купола летней церкви, пострадавшие от бомбардировок летом 1941 г. Пожертвования на ремонт сделали король Румынии Михай и маршал Ион Антонеску. Летом 1944 г. часть монашествующих во главе с игуменом Феофилактом бежала из Бессарабии и укрылась в румынских монастырях Кэлдэрушани и Черника. В то же время партизанские группы, отправлявшиеся командованием советских войск в тыл немецко-румынских оккупантов и действовавшие в Оргеевских лесах, установили связь с монахами Курковского монастыря, которую румынским жандармерии раскрыть так и не удалось. В 1945 г. настоятелем Курковского монастыря был протосинкелл Виталий (Чикало). В монастыре поддерживались просоветские патриотические настроения. В том же году Курковский монастырь заплатил военный налог в размере 7025 руб. С августа 1944 г. Курковский монастырь передал в аренду леспромхозу механические столярные мастерские по производству мебели, шерсточесальную машину, 5 га виноградников, 30 га садов, 30 га сенокосных угодий, 24 га земли. Часть братии продолжала работать в мастерских. Но такое положение дел неблагоприятно сказывалось на правилах монастырского общежития, поскольку некоторые бывшие монашествующие, работавшие в леспромхозе, продолжали проживать в кельях. По сообщению правящего архиерея Кишинёвско-Молдавской епархии епископа Иеронима (Захарова), «часто в соседней келье с послушником живёт бывший послушник, но живёт жена и ребёнок». Между монастырём и леспромхозом предполагалось построить глухой забор. После 1945 г. Курковский монастырь располагал высокотоварными фруктовыми садами, на одного монашествующего в нём приходилось 0,5 га земли, и при благоприятных погодных условиях хозяйство монастыря не только полностью обеспечивало фруктами братию, но и приносило доходы. В 1946 г. из-за засухи у Курковского монастыря (как и у других обителей Молдавии) возникли проблемы со сбором урожая и сдачей натуральных налогов государственным заготовительным организациям. Так, монастырю удалось сдать лишь 12,4% зерна от плановых показателей. В 1945–1947 гг. ряд монастырей (в том числе и Курковский монастырь) не имея возможности обрабатывать всю находившуюся в пользовании землю, добровольно отказались от некоторой её части, передав местным земельным органам. Так, в 1946 г. Курковский монастырь передал райземотделу 27 га фруктовых садов. В начале 1947 г. к Курковскому монастырю были присоединены Хынковский во имя великомученицы Параскевы Пятницы монастырь и Гербовецкий в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской монастырь. В марте 1947 г. настоятелем Курковского монастыря стал иеромонах Иннокентий (Павловский). 6 марта того же года на собрании братия просила вернуть прежнего настоятеля, протосинкелла Макария (Холмицкого), однако настоятелем был назначен игумен Виталий (Чикало), а Макарий стал его помощником. В 1948 г. протосинкелл Макарий за «антисоветскую деятельность» был осуждён на 15 лет, наказание отбывал в Ярославской области.