Для изменения ситуации и в целях соблюдения Постановления СМ СССР 1946 г. «О православных монастырях» в октябре 1952 г. вдоль всей территории, граничившей с Курковским монастырём, был выстроен глухой деревянный забор высотой 3 м. Впоследствии наличие спецучилища послужило предлогом для упразднения Курковского монастыря путём его слияния с Кицканским Новонямецким в честь Вознесения Господня монастырём. Уже 20 октября 1952 г. председатель СМ МССР Герасим Яковлевич Рудь поставил вопрос о необходимости перевода 61 человека из братии, «использовавших только частично помещения монастыря», в Кицканский во имя мучеников Викентия и Доримедонта мужской скит, «а освободившиеся помещения... полностью передать специальному сельскохозяйственному училищу для его расширения и обеспечения жилой площадью преподавательского и административно-технического персонала». По директиве председателя Совета по делам РПЦ Георгия Григорьевича Карпова, перевод монашествующих из Курковского монастыря в другие монастыри Молдавии, а также передача монастырского имущества, культового инвентаря, скота и проч. были возложены на епископа Кишинёвского и Молдавского Нектария (Григорьева). По благословению патриарха Московского и всея Руси Алексия I (Симанского) и по распоряжению епископа 6 октября 1953 г. была созвана особая комиссия в составе шести человек под руководством настоятеля Курковского монастыря архимандрита Вениамина (Батыра) для проверки личного состава и полной инвентаризации монастыря. 15 октября 1953 г. недвижимое имущество Курковского монастыря было передано сельскохозяйственному спецучилищу №1, иконостасы церквей, утварь и проч. распределены между Кицканским и Кэприана монастырями, сельскохозяйственные орудия, инструмент и материалы, продукты питания, скот и птица переданы Кицканской и Кэприановской обителям, а также женскому монастырю великомученика Георгия Победоносца в селе Суручень, Цыганештскому в честь Успения Пресвятой Богородицы мужскому монастырю, Табарскому в честь Успения Пресвятой Богородицы и Хировскому во имя Николая Чудотворца женским монастырям. 26 октября 1953 г. Курковский монастырь был официально объявлен недействующим, монашествующие переселены согласно их пожеланиям: в Кэприановский монастырь – 18 человек, в Кицканский – 16 человек, в Цыганештский – 12 человек и в Сурученский – семь человек. С 1961 г. на территории Курковского монастыря располагались психиатрическая и наркологическая больницы. 28 января 1992 г. протоиерей Иоанн Вулпе на епархиальном собрании предложил возобновить деятельность обители. 15 февраля 1992 г. указом правительства Республики Молдова психиатрическая больница выводилась с территории монастыря. 17 ноября 1992 г. Курковский монастырь был зарегистрирован государством, руководителем обители назначен протоиерей Иоанн Вулпе. Но поскольку у Министерства здравоохранения не было необходимых помещений для психиатрической больницы, вплоть до 1995 г. монастырь фактически не функционировал.