Атомизм получает материалистический характер в том случае, если атомы признаются основой не только материального, но и духовного мира, и если они признаются абсолютным началом всего существующего, вечной и самобытной основой бытия. Однако оба предположения никак не вытекают из самой теории атомизма; это привнесение чисто метафизическое, характерное для философии материализма. Материализм – это мировоззренческая позиция, которой соответствует набор философских идей. Для своей выгоды он прикрывается наукой, при этом не являясь ни следствием, ни условием научного мышления. В работе «Самостоятельность начала органической жизни» В.Д. Кудрявцев-Платонов выступал в защиту теории витализма, которая утверждает наличие в органической природе особой жизненной силы, существенно отличной от сил, действующих в неорганической природе. В.Д. Кудрявцев-Платонов обозревал литературу, посвящённую дискуссии о витализме, а также аргументы за и против этой теории. Присоединяясь к сторонникам витализма, утверждал, что теория вполне научна и при этом согласуется с верой в Бога. Витализм как научная теория противопоставляется материализму, её преимущество в этом отношении считал очевидным – кроме материи признаётся самостоятельное начало органической жизни, которое христианский апологет с лёгкостью может отождествить с действием Бога в природе. Продолжением статьи «Самостоятельность начала органической жизни» является статья «О происхождении органических существ: Теория трансформации», в которой В.Д. Кудрявцев-Платонов развивал аргументации в пользу витализма и подвергал критике дарвинизм. Вопрос о происхождении человека основополагающий для любой религии или философии: «…Иначе будет жить и действовать человек, ведущий свою генеалогию от животных, и иначе человек, сознающий себя по происхождению родом Божьим (Деян. 17:29)». В критическом обзоре В.Д. Кудрявцев-Платонов, во-первых, стремился рассмотреть основания теории эволюции, которые имеют значение для философии, а во-вторых, указать на её слабые места с точки зрения естествознания. Указывая на внутренние противоречия теории Чарльза Дарвина, непоследовательность, логическую несостоятельность многих важнейших для теории утверждений, В.Д. Кудрявцев-Платонов сделал вывод, что эволюционная теория – это всего лишь остроумная гипотеза, в основе которой лежит не строгий анализ данных науки, а творческое вдохновение. Вместе с тем он не видел оснований и для полного отвержения данной гипотезы. Более того, признавал заслуги Ч. Дарвина перед естествознанием и вменял ему в вину лишь преувеличенные выводы, которые тот сделал на основании своих наблюдений. По мнению В.Д. Кудрявцевв-Платонова, теория Ч. Дарвина со всеми ценными наблюдениями действительна в пределах вида, но не в отношении всех живых существ в целом.