Телеология как стержневая идея естественнонаучной апологетики занимает в этом направлении исключительно важное место. Главными проблемами являются соотношения науки и религии, науки и атеизма. Основание христианского телеологизма находится в словах апостола Павла: «Ибо, чтó можно знать о Боге, явно для них, потому что Бог явил им. Ибо невидимое Его, вечная сила Его и Божество, от создания мира через рассматривание творений видимы, так что они безответны» (Рим. 1:19–20). Особое внимание естественнонаучная апологетика уделяет биологии, космологии, антропологии и психологии. В последнее время у христианских апологетов креационизма появился весомый аргумент: в соответствии с концепцией «тонкой настройки» изменение фундаментальных физических констант (скорости света, заряда электрона и протона и т.д.) в большую или меньшую сторону на ничтожные доли процента не дало бы возможности вселенной не только быть, как она есть, состоя из атомов и молекул, но и вообще стабильно существовать. «Тонкую настройку» можно было бы обозначить и как «теистический антропный принцип». Пол Девис считает, что «тонкая настройка» есть «единственная попытка научно объяснить кажущуюся таинственной структуру физического мира». «Последние исследования свидетельствуют о существовании некой главенствующей суперсилы, различными проявлениями которой служат все известные нам взаимодействия. Новые открытия проложили путь к радикально новой концепции единой вселенной, рождённой в результате чудовищного катаклизма, в котором под действием суперсилы из первичноrо горнила возникли все физические системы». Апологетику с позиций доктрины «разумного замысла», по мнению исследователей, не всегда безупречна в научном отношении. Например, некорректным исследователи считают вывод из введённого Уильяма Дембски понятия «определённая комплексность» («specified complexity») о том, что если некий объект обладает известным уровнем сложности, то можно показать, что он был создан разумным творцом, а не возник в результате естественных процессов. Другой сторонник «разумного замысла», Майклом Бихи, опирался в своей аргументации на «объяснительный фильтр», с помощью которого обнаруживал «неупрощаемую сложность» живых организмов, исключающую, по его мнению, материальные причины возникновения жизни. В научном сообществе эта теория была признана несостоятельной на основании того, что утверждения о сверхъестественном происхождении жизни не могут быть подвергнуты экспериментальной апробации, не выдерживают критерия фальсифицируемости; таким образом, подобные утверждения не могут служить основанием научных прогнозов или гипотез. Однако естественнонаучная критика телеологизма нередко также несостоятельна, поскольку эта проблематика лежит в области философии. История философской телеологии насчитывает более 2 тыс. лет, её идеи прослеживаются в трудах Платона, Аристотеля, Готфрида Вильгельма Лейбница, Христиана Вольфа, Иммануила Канта, Уильяма Пейли, Фридриха Вильгельма Йозефа Шеллинга, Георга Вильгельма Фридриха Гегеля и других философов. И. Кант, хотя и критиковал физико-телеологическое доказательство бытия Божия, «которое разум заимствует из разнообразия, красоты, порядка и целесообразности мира», всё же считал, что оно «всегда заслуживает того, чтобы к нему относились с величайшим вниманием». Телеологичность мироустроения, целесообразность всех частей мироздания могут служить сильнейшим аргументом в пользу бытия Творца и побудительным мотивом к осмысленному научному поиску. Креационизму противостоит не наука, а секулярные интерпретации научного мировоззрения, прежде всего, атеистические и агностические.