В мае 1923 г. В.Д. Красницкий вошёл в состав президиума обновленческого «Поместного Собора», где выступил с речью по делу патриарха Тихона. В ней он обвинил патриарха Тихона в том, что тот стал «идейным центром контрреволюционного наступления», и предложил лишить патриарха духовного звания, священного сана и монашества, а также упразднить институт патриаршества «как пережиток прошлого..., вредный для дела церковного обновления». Такая резолюция была принята обновленческим «Собором» 3 мая. У исследователей есть свидетельства, что накануне общей сессии В.Д. Красницкий на устроенном им «собрании епископов» требовал от его участников согласия на лишение патриарха сана, угрожая: «Кто сейчас же не подпишет этой резолюции, не выйдет из этой комнаты никуда, кроме как прямо в тюрьму!» 4 мая В.Д. Красницкий вошёл в состав делегации обновленческого «Собора», посланной для вручения находившемуся под домашним арестом в Донском монастыре патриарху Тихону грамоты о лишении его сана. Патриарх Тихон письменно отказался признать это решение законным. По предложению В.Д. Красницкого обновленческий «Собор» также постановил отлучить всех участников Карловацкого собора Русской зарубежной церкви 1921 г. Однако высказанные В.Д. Красницким на «Соборе» предложения по проведению дальнейших реформ церковной жизни (в том числе по пресвитерскому управлению, единой церковной кассе, а также «новому, материалистическому пониманию христианства») не нашли отклика у других обновленцев. 8 мая «Собор» проголосовал за предложение избрать В.Д. Красницкого «архиепископом Петроградским», на что тот ответил отказом. После этого решением «Собора» он был возведён в сан «протопресвитера Российской Православной Церкви», избран заместителем председателя Высшего Церковного Совета (ВЦС), заменившего ВЦУ. 24 июня В.Д. Красницкому удалось добиться смещения Антонина (Грановского) с должности председателя ВЦС, усилив там свои позиции. Однако освобождение 25 июня патриарха Тихона вызвало резкий кризис обновленчества и вскоре привело к устранению В.Д. Красницкого из обновленческого руководства как слишком одиозной фигуры. В начале июля курировавший церковные дела начальник шестого отделения Секретного отдела ГПУ Евгений Александрович Тучков уведомил В.Д. Красницкого о прекращении его поддержки государственными органами. 15 июля В.Д. Красницкий вернулся в Петроград, где стал служить в Казанском соборе. 8 августа обновленческий ВЦС был переименован в «священный синод», в состав которого В.Д. Красницкий не вошёл. Также было принято решение о роспуске всех обновленческих групп и фракций, в том числе и «Живой Церкви». В.Д. Красницкий отказался подчиниться и в сентябре объявил о разрыве «Живой Церкви» с обновленческим синодом. В январе 1924 г. В.Д. Красницкий был выдворен противниками-обновленцами из Казанского собора. В марте того же года он прибыл в Москву в связи с разработанным в ОГПУ планом его «примирения» с патриархом Тихоном, чтобы дискредитировать патриарха и установить контроль над патриаршим управлением. 8 апреля Антирелигиозная комиссия ЦК РКП(б) (см. Комиссия по проведению отделения церкви от государства) приняла решение поставить перед патриархом Тихоном в качестве главного условия освобождения заключённых архиереев и легализации высших органов церковной власти включение в них В.Д. Красницкого.