С середины 1919 г. был инспектором по организации коллективных хозяйств в Петроградском губернском земельном отделе; заведовал отделом артелей и коммун в газете «Деревенская Коммуна», где напечатал ряд статей. Читал лекции о советской земельной политике в Красноармейском институте имени Николая Гурьевича Толмачёва и Коммунистическом университете имени Григория Евсеевича Зиновьева. 12 июля 1919 г. составил документ («Записку») «О направлении политики советской власти в отношении к православной российской церкви», в котором призвал коммунистических руководителей «не ограничиваться голым отрицанием и борьбой с религией по существу и направлять политику власти сообразно с реальными особенностями быта каждого религиозного исповедания». По мнению В.Д. Красницкого, государственные органы должны были отказаться от прежнего формального невмешательства во внутреннюю жизнь церкви и перейти к активным действиям в религиозной сфере, поскольку «обстоятельства нынешнего времени должны заставить Советскую власть изменить своё отношение к церковным организациям». В.Д. Красницкий предлагал с помощью печатной пропаганды и прямого воздействия местных властей заменить в приходских собраниях «буржуазные элементы» сторонниками советской власти, после чего «избрать законные приходские советы, которые и поведут дело социальной революции в церковном быту». На основе «Записки» В.Д. Красницкого в Петроградском городском отделе юстиции было составлено обращение «К православным гражданам Петрограда». В нём предлагалось «православным верующим гражданам преимущественно беднейшего класса, не имевшего прежде голоса в церковных делах, составлять по всем приходам приходские собрания» и объединяться в общины верующих, чтобы затем подписать соглашение с органом местной власти о принятии в своё пользование храма и взять на себя обязательство, «что всё переданное имущество и богослужебные предметы не будут использованы как орудие борьбы с рабоче-крестьянской властью и с социальной революцией». 1 августа 1919 г. В.Д. Красницкий стал инструктором по церковным делам отдела юстиции Петроградского горисполкома, а с 15 августа в качестве полномочного представителя Совета депутатов второго городского района Петрограда непосредственно заключал договоры о пользовании церковным имуществом с приходами православных храмов. Также в это время В.Д. Красницкий, как сотрудник армейского политотдела, составил подборку материалов «О службе духовенства в Красной Армии», включавшую очерк «Революционные традиции в православном духовенстве» и практические рекомендации «Способ привлечения православного духовенства в армию». Осенью 1919 г. В.Д. Красницкий был вызван в Москву для личного доклада Владимиру Ильичу Ульянову (Ленину). Подробных сведений об этой встрече не имеется; речь, как полагают исследователи, шла о возможности использования духовенства на военной службе и методах привлечения священнослужителей на сторону советской власти. В 1920 г. в связи с упразднением категории сочувствующих В.Д. Красницкий подал заявление о приёме в члены РКП(б), однако не был принят. Был демобилизован из армии, в ноябре 1921 г. уволен с гражданской службы по сокращению штатов. Продолжал службу вторым священником в петроградском Князь-Владимирском соборе, фактически подменяя престарелого настоятеля.