Общение с представителями НКВД в 1940–1941 гг., репрессии, проводимые в это время на Западной Украине, в том числе против духовенства, укрепили Г.Ф. Костельника во мнении об антихристианской сути большевистской власти. В украинских националистах он видел союзников в борьбе против идеологии безбожия; при этом всегда разделял политику и веру. На Львовском епархиальном соборе в 1943 г. при обсуждении миссионерской работы УГКЦ на оккупированных территориях Украины Г.Ф. Костельник выступил с критикой принятых униатами католических догматов, которых не знала Вселенская церковь I тыс., и призывал к объединению с православными. Митрополит Андрей Шептицкий резко прервал его речь и лишил слова. С того времени Г.Ф. Костельник уже не скрывал своего намерения содействовать упразднению унии и воссоединению греко-католиков с православной церковью. В этот период он написал ряд сочинений: «Миссия» (1942 г.), «Вера в Бога» (1942 г.), «Атеист» (1943 г.); подготовил два варианта перевода на украинский язык «Чина священной и божественной литургии» (1943 г.). Все эти работы остались неопубликованными. После того как Западная Украина была освобождена советскими войсками, митрополит Андрей Шептицкий решил наладить отношения с руководством СССР, для чего предполагалось направить в Москву делегацию УГКЦ во главе с Г.Ф. Костельником. Но 1 ноября 1944 г. Андрей Шептицкий умер, а новый предстоятель униатской церкви митрооплит Иосиф Слипый, неприязненно относившийся к Г.Ф. Костельнику, назначил главой делегации архимандрита Климента Шептицкого. В декабре 1944 г. в составе униатской делегации Г.Ф. Костельник посетил Москву и участвовал в переговорах с председателем Совета по делам религиозных культов при Совнаркоме СССР Иваном Васильевичем Полянским. Переговоры касались, прежде всего, содействия УГКЦ в борьбе советских властей с националистическими вооружёнными группами на Западной Украине. Униаты представили проект обращения к украинскому духовенству и верующим, в котором националистов призывали «сойти с ложного пути», а также высказали просьбу оставить за УГКЦ права, бывшие у неё в Польше, согласно конкордату с Ватиканом 1925 г. На этих встречах Г.Ф. Костельник ставил наиболее острые вопросы (в частности, о преподавании Закона Божия в школах). Вскоре, однако, отношение советских властей к УГКЦ ухудшилось из-за резких выступлений папы РимскогоПия XII по поводу коммунистической идеологии и о СССР. В этой ситуации советское руководство взяло курс на прекращение деятельности в СССР униатской церкви. В марте 1945 г. председатель Совета по делам РПЦ Георгий Григорьевич Карпов разработал план ликвидации УГКЦ, предполагавший, в частности, создание среди униатов инициативной группы, которая должна была заявить о разрыве с Ватиканом и призвать униатское духовенство к переходу в православие. НКГБ предложил на роль главы этой группы Г.Ф. Костельника: «Будучи активным украинским националистом и врагом Советского государства, а также продолжая поддерживать связь с руководством ОУН и УПА, Костельник в то же время не изменил своего отношения к Ватикану и остался сторонником разрыва связи с Римом и объединения униатской церкви с православной. Учитывая это, а также авторитетность Костельника среди греко-католического духовенства и украинской интеллигенции, целесообразно использовать его для возглавления движения среди униатов за воссоединение с русской православной церковью. В случае отказа со стороны Костельника подвергнуть его аресту».