Поводом для прямых репрессий стала изданная в 1928 г. во Львове работа «Спор об эпиклезе между Востоком и Западом» – один из наиболее значимых богословских трудов Г.Ф. Костельника. Эта работа была написана с целью защитить восточную литургию от латинских тенденций и не допустить, чтобы из богослужебного текста была изъята эпиклеза, освящённая давней христианской традицией. Суть спора составляло то, когда и какими именно словами во время Божественной литургии освящаются предложенные Дары, и присутствует ли обращённый к Богу Отцу призыв к нисхождению на них Святого Духа (так называемая нисходящая эпиклеза, имевшаяся в православной традиции и отсутствовавшая в тот момент в католической). Г.Ф. Костельник предполагал, что сначала во всех христианских литургиях была эпиклеза, сохранившаяся в александрийской и антиохийской литургии. Следовательно, римская литургия, которая развивалась позднее, устранила эпиклезу из своего текста около V в. Разбирая текст современной ему римской литургии, Г.Ф. Костельник пришёл к выводу, что в сравнении с восточными литургиями она стала: а) сокращённой (ибо в ней недостаёт проскомидийных молитв); б) не столь выразительной (ибо в ней меньше поэтической образности и окрылённости); в) без чёткой логической последовательности (в ней отсутствует настоящая эпиклеза, вместо которой есть две восходящие эпиклезы в самом каноне; после второго Ватиканского собора Римско-католической церкви 1962–1965 гг. в состав латинской литургии были введены евхаристические молитвы, в которых в отличие от римского канона существуют эпиклезы, содержащие упоминание Святого Духа). Работа об эпиклезе вызвала негативную реакцию Папского престола. С резкой критикой выступил профессор Ф. Спачиль из Восточного папского института. В ответ Г.Ф. Костельник повторно аргументированно обосновал правоту православной литургии с богословской точки зрения. После этого Ватикан потребовал применения против Г.Ф. Костельника административных санкций (в настоящее время Римско-католическая церковь частично отказалась от осуждения догматических взглядов Г.Ф. Костельника; отмечается, что «многие его богословские статьи, написанные до 1939 г., предвосхищают идеи, позднее одобренные в документах второго Ватиканского Собора»). В октябре 1929 г. в связи с давлением на митрополита Андрея Шептицкого со стороны Рима и местных приверженцев латинизации Г.Ф. Костельник был вынужден покинуть пост редактора журнала «Нива». В 1930 г. по инициативе ректора Львовской духовной академии Иосифа Ивановича Слипого (впоследствии митрополит, глава УГКЦ) Г.Ф. Костельник был отстранён от преподавания в этом высшем учебном заведении. Лишённый возможности заниматься научно-преподавательской и издательской деятельностью, Г.Ф. Костельник с 1 декабря 1931 г. стал директором типографии «Бiблiос»; продолжал служить священником во львовском Преображенском храме и одновременно преподавал Закон Божий во львовских средних учебных заведениях.