В то же время в отличие от наиболее радикальных новогреческих просветителей, находившихся под влиянием европейских деистов, А. Кораис не выступил с жёсткой критикой всех церковных институтов, в том числе не ставил под сомнение необходимость священства. Он приводил в своих произведениях примеры достойных архипастырей, но в целом оценивал церковную политику негативно. А. Кораис критиковал высшее духовенство, в частности, за то, что оно не спешит «направлять юношей на обучение в Европу». Главной мишенью критики А. Кораиса были монастыри, которые он считал носителями церковного консерватизма. По его мнению, «недостойные и безграмотные иноки» «были худшими тиранами, чем турки». А. Кораис утверждал, что именно монахи исказили христианство, отдалив его от Евангельского учения. Он выступал за отмену монашества, сокращение количества монастырей и конфискацию их имущества. Воспитанный в Западной Европе, А. Кораис не принимал и не хотел понимать особенности православной традиции: ему было чуждо почитание мощей, феномен юродивых и столпников, «умное делание» исихастов, длинные службы и само назначение монашества. Живя далеко от родины, А. Кораис и многие его соратники потеряли связь со своей религиозной традицией и плохо знали реальную обстановку в отечестве, что порождало искажение фактов. Например, в своих произведениях применительно к православной церкви А. Кораис употребляет выражение «сословие иереев», совершенно не характерное для православного Востока. Не понимая разницы между чёрным и белым духовенством, он утверждал, что приходский сельский священник путём подкупа может сначала стать архимандритом, а затем архиереем и даже патриархом. Для светской греческой историографии характерна положительная оценка творчества А. Кораиса, поскольку оно способствовало национальному возрождению. Критически по отношению к его деятельности настроены ведущие греческие богословы и церковные историки: протопресвитеры Георгий Металлинос, Феодор Зисис, Иоанн Романидис, проигумен Георгий (Капсанис). Так, Г. Металлинос считает, что творчество А. Кораиса было использовано в своих интересах западными державами, которые не желали воссоздания полиэтнического православного государства правопреемника Византии. Поэтому Наполеон в своей пропаганде сознательно употреблял термин «греческий», носящий моноэтническую коннотацию, противопоставляя его термину «ромейский». Антирелигиозный характер французской пропаганды в Греции, по мнению Г. Металлиноса, был связан со стремлением ослабить роль православия как объединяющего нацию фактора и заменить его этническим национализмом. И. Романидис утверждает, что европейским державам было невыгодно создание мощной империи, объединившей все «ромейские» народы, вследствие чего и было принято решение не только разрушить «ромейское единство», но и исказить православие в соответствии с западными образцами. В то же время Нектарий Эгинский высоко оценил усилия молодого А. Кораиса по переводу на греческий язык «Катехизиса» митрополита Платона (Левшина).