Кроме того, А. Кораис полагал, что в рамках созданной церковью образовательной системы невозможно решить национальные задачи, т.к. она была направлена на консолидацию православных народов и сковывала развитие националистического самосознания. Многовековое подчинённое положение Греции А. Кораис объяснял политикой церкви, внушавшей народу покорность и раболепие. Корни этого явления он искал в историческом прошлом, в частности, в столь презираемом им имперском византийском периоде греческой истории. Отказ от общего византийского прошлого и его дискредитация вели к отрицанию единства православного мира, органичным следствием чего стало последующее отделение православных церквей на Балканах от Константинопольского патриархата. А. Кораис настаивал на том, чтобы греческий клир перестал признавать главой церкви Константинопольского патриарха и добился от него независимости. За образец церковного устройства, по мнению А. Кораиса, следовало взять синодальное управление РПЦ. А. Кораис был последовательным сторонником автокефалии не только Элладской, но и других поместных церквей Балканского региона. С западноевропейскими просветителями А. Кораиса роднило недоверие ко всему сверхъестественному и рациональное отношение к религии. Христианство для него было лишь этической системой и социальным учением, а православие являлось не образом жизни и богооткровенной традицией, а нравственной и философской концепцией, причём не единственной верной, а одной из многих, имеющих право на существование (хотя и наиболее совершенной). А. Кораис часто пользовался цитатами из Священного Писания, однако это не было показателем его приверженности христианским ценностям – он делал это лишь для подкрепления собственных идей и теорий. Авторитет Библии для него фактически приравнивался к значению книг античных авторов. Он был последовательным сторонником распространения Библии и древнегреческой книжности среди народа. В то же время, несмотря на то что А. Кораис в своих произведениях апеллировал к античным идеалам, в отличие от наиболее радикальных просветителей он не стремился к возрождению языческого прошлого. Его взгляды не носили открыто антихристианского характера, более того, он негативно высказывался о безбожии. Как и большинство носителей просветительской идеологии в Юго-Восточной Европе, А. Кораис подчёркивал, что желает лишь рационализации религии, очищения церкви и возвращения её к утерянным евангельским идеалам. Несмотря на постоянное декларирование своей приверженности православию, идеология А. Кораиса в значительной степени была близка к протестантизму. В своих сочинениях он неоднократно умалял авторитет Священного Предания и предлагал ряд радикальных церковных нововведений, которые касались разных сторон церковной жизни: выступал за сокращение постов и служб, выплату рукополагаемым священником определённой суммы на содержание школы в своём районе, наложение на согрешивших христиан денежной епитимии.