В Смутное время церковь Николая Чудотворца была сожжена. Впоследствии, по мнению исследователей, был построен храм в честь Положения Ризы Господней в Москве с приделом во имя Кирилла Белозерского, где находились мощи Кирилла Вельского. Посвящение престола Кириллу Белозерскому было неслучайным: почитание канонизированного святого являлось формой почитания не прославленного в то время тезоименитого ему местного святого. В день памяти Кирилла Белозерского (9 июня) местные жители, приходившие в храм на престольный праздник, ставили свечи у гробницы Кирилла Вельского «пред образом, на коем изображение въверху Пресвятыя Живоначальныя Троицы, под оным в средине на той же дске святителей Николая Чюдотворца и Иоанна Милостиваго, по сторонам Прокопия Устьянскаго и Кирилла Велскаго» (Российский государственный исторический архив). В 1783 г. протопоп вельского Троицкого собора обратился к Архангелогородскому и Холмогорскому епископу Вениамину (Краснопевкову) с просьбой рассмотреть вопрос «о уничтожении или поновлении состоящей в новоучрежденном городе Велске деревянной ветхой Положения Ризы Господни церкви и о перенесении из оной в другую церковь гробницы преподобнаго Кирилла Вельскаго». Епископ «истребовал... описание о житии праведнаго Кирилла Велского» и сведения о его почитании. Ему была прислана «рукописная тетрадка стариннаго писма о житии и чюдесах» святого. Как оказалось, у гробницы Кирилла не служили ни молебнов, ни панихид, но его поминали на всенощном бдении и на утрене на молитве «Спаси, Боже, люди Твоя» по установившейся традиции: «Упоминают и Кирилла, Велскаго чюдотворца, по той причине, что и прежние священники и диаконы упоминали». «Образ праведнаго Кирилла Велскаго, на холсте писанной» находился на раке святого. В 1783 г. епископ Вениамин (Краснопевков) повелел «благочинному и той церкви священнику и диакону» произвести «наедине и без огласки» новое освидетельствование мощей Кирилла. Священнослужители обнаружили «вънутри гробницы покров белаго холсту с крестом, чернилами написанным, и другия два покровца – холщевой и китайчатой алой, мешечик холщевой, а в нем кости человеческия от главы и от других членов, горелые» (Государственный архив Вологодской области). 20 октября 1783 г. епископ Вениамин (Краснопевков) отправил в Синод донесение об освидетельствовании мощей Кирилла, присоединив к нему «рукописную тетрадку о житии и чюдесах» святого. 22 ноября 1783 г. состоялось заседание Синода, на котором было заслушано донесение епископа Вениамина (Краснопевков). Синод постановил прекратить почитание мощей Кирилла: «Об оных Кирилла Вельского мощах ни одним словом не показано, и Святейшему Синоду доныне об них ни малейшего сведения не было. А представленная тетрадка, которая кем и когда составлена, неизвестно, с учиненным ныне означенной гробницы освидетельствованием оказалась совсем не сходственна, ибо в оной показано, что по обретении гробницы мощи в ней были неврежденны, а ныне оказались одни кости, и те обгорелые, а чьи, и кем, где, и когда собраны и в гробницу положены, неизвестно, то по таковому крайнему сумнительству найденные кости за святые почесть по силе «Духовнаго регламента» второй части шестого пункта на листу 14-м отнюдь не можно» (Государственный архив Вологодской области).