Решения коллегии были направлены на «очищение» униатского богослужения от латинских обрядов и возвращение к постановлениям Брестского собора 1596 г. Униатской коллегии было поручено провести ревизию всех базилианских монастырей. В результате упразднению подлежало свыше 60 обителей, в том числе и Кобринский монастырь. 1 сентября 1830 г. в стенах монастыря было открыто уездное духовное училище, смотрителем был назначен магистр богословия, профессор Священного Писания священник Яков Леонтьевич Железовский (впоследствии, епископ Брестский). Свои обязанности он исполнял до конца 1833 г. В 1839 г. Кобринский монастырь был окончательно упразднён, а монахов перевели в Тороканский монастырь близ города Антополя. В докладе униатского епископа Иосафата Жарского, производившего ревизию униатских монастырей в 1832 г., записано, что среди 313 монахов, находившихся в 37 монастырях, оказалось 134 униата и 129 католиков, которые совершали богослужения по латинскому обряду. При этом Иосафат Жарский указал на упадок дисциплины в базилианском Ордене, на множество латинских нововведений в богослужение, а также в облачения и устройство храмов. Это побудило греко-униатские церковные власти к 1835 г. упразднить 36 беднейших монастырей. Монастырские здания остались в распоряжении духовного училища. С 25 марта 1839 г., после Полоцкого собора, упразднившего церковную унию 1596 г., училище перешло в ведение православной церкви. Кобринское духовное училище было одним из трёх учебных заведений Гродненской губернии, готовивших мальчиков к поступлению в духовную семинарию. Училище подчинялось духовно-учебному управлению в городе Вильно и состояло из трёх отделений. Курс обучения продолжался три года. Дети поступали в училище в возрасте от 9 до 11 лет. После окончания Санкт-Петербургской духовной академии с 1865 по 1870 гг. обязанности инспектора Кобринского духовного училища исполнял Алексей Степанович Родосский. Выпускником Кобринского духовного училища был протоиерей Иван Антонович Котович. Студентами училища также были будущие учёные Платон Николаевич Жукович, Лев Семёнович Паевский, Владимир Васильевич Качановский и др. Из рапорта Пружанского благочинного протоиерея Андрея Червяковского в духовную консисторию исследователям известно, что 2 ноября 1869 г. при Кобринском училище в сослужении двух священников была освящена домовая церковь во имя равноапостольных Кирилла и Мефодия. Указом Синода от 8 сентября 1872 г. училище было переведено в Жировичи. Всё недвижимое имущество бывшего монастыря: каменный двухэтажный дом с двумя небольшими флигелями, два деревянных дома и деревянный сарай, земля (2 десятины и 197 кв. сажён) – поступило во владение Жировичского духовного училища. К 1877 г. церковь училища пребывала в крайнем запустении, иконостас представлял собой ширму, обитую простым старым полотном.