В августе 1750 г. брестский официал и архимандрит Андрей (Белецкий) подали жалобу в Брестский городской суд на новоселецкую и ходиницкую шляхту в связи со спорными земельными вопросами. В жалобе отмечалось, что шляхтичи «по обычному своему зложелательству, имея в своём владении некоторые земли одного названия с землями Кобринской архимандрии, вздумали отторгнуть последние от архимандрии через разные происки... Архимандрит опровергает это ложное показание тем, что по каноническим правилам он не вправе был этого сделать. Вследствие определения маршалковского суда, которым назначен был двухнедельный срок к исполнению, со стороны шляхты никто не прибыл на срок. На этом основании архимандрит просит, что если бы шляхта вздумала после упомянутого срока привести чиновника для передачи Кобринской архимандрии шляхте, то не давать никакого законного значения его распоряжениям». 21 мая 1753 г. прокуратор Кобринского монастыря Фома Радкевич «жаловался на комиссара имений князя Огинского, что он под видом интересов своего владельца для собственной надобности забирает у евреев и крестьян подводы и перевозит на них свои собственные предметы; что, перевозя однажды клади, он остановился на монастырской земле и потравил луга и поля; в это же время произносил разные угрозы против прокуратора и монастыря». 30 июля 1755 г. Фома Радкевич писал, что регент иезуитской бурсы Михаил Ломинский нанёс побои монастырским людям. Он прогонял «через монастырские земли чужой скот под видом своего», «не уплачивает монастырю пошлин, чем наносит ему великий ущерб», а также «подговорил комиссара Завадского арестовать в Пинске лошадей, принадлежащих монастырю». Согласно описанию от 21 января 1797 г., Кобринский монастырь располагал каменными строениями, а церковь названа «деревянной и ветхой». Во время Отечественной войны 1812 г., когда армия французского императора Наполеона I находилась в Кобрине, Кобринский монастырь стал местом боевых действий между частями третьей Западной армии под командованием генерала Александра Петровича Тормасова и бригадой саксонцев под командованием генерал-майора Генриха фон Кленгеля, входившей в состав седьмого Саксонского корпуса генерала Жана Ренье. После боя в Кобрине остатки частей саксонцев были вынуждены покинуть горевший в нескольких местах город и укрыться за каменной оградой на территории монастыря. Генерал А.П. Тормасов в рапорте императору Александру I писал: «Неприятель защищался отчаянно как в укреплениях своих, так и за каменною монастырскою оградою и на подъёмном мосту», но в течение девяти часов был полностью разбит. После боя на крыльце чудом уцелевшего главного здания монастыря генерал А.П. Тормасов принял капитуляцию выживших солдат Саксонского корпуса. Указом императора Николая I от 28 апреля 1828 г. в Санкт-Петербурге была учреждена Греко-униатская коллегия под председательством униатского митрополита Иосафата (Булгака).