Несмотря на королевские пожалования, духовная жизнь в Кобринском монастыре находилась в упадке. В 1671 г., когда Венедикт Глинский уже занимал униатскую епископскую кафедру во Владимире-Волынском (1667–1678 гг.), Новогрудская конгрегация силой отняла у него Кобринскую архимандритию. Причиной этому послужил тот факт, что в Кобринском монастыре проживало большое число светских людей, но не было ни одного монаха. Вместо Кобринского монастыря верующие из Кобринщины приходили в монастырь в Лепесах, расположенный на частных землях православной шляхты. Это раздражало униатов. 5 января 1690 г. Владимирский епископ Лев Залесский жаловался польскому королю Яну III Собескому на войта, бургомистров, ратманов и вообще на всех кобринских мещан за то, что они, отступая от греко-униатского исповедания, оставляют униатские церкви и обращаются за требами в православный монастырь в Лепесах. При этом вопреки королевским определениям и комиссарскому листу кобринские мещане устраивали для себя особые кладбища. Когда епископ Лев Залесский потребовал от них десятину для Спасской церкви, кобринские мещане не только не дали её, но и стали угрожать униатскому архиерею. В ответ король Ян III Собеский приказал администратору Кобринской экономии употребить власть для приведения непослушных к повиновению. В XVIII в. началось упорное противостояние между настоятелями Кобринского монастыря и кобринской шляхтой. 15 июля 1710 г. брестский староста пан Ян Фридрих Сапега укорял архимандрита Пахомия (Ольшевского), что вместе с монахами он производит «разные насилия» крестьянам в имениях Глинского – Кобельнице и Котове. Он предписывал архимандриту впредь этого не делать под залог в 10 тыс. коп литовских грошей. 25 февраля 1711 г. в донесении возного Брестского воеводства сообщалось об избиении Домбровским и Абрамовичем монахов Кобринского монастыря. Возный Брестского воеводства свидетельствовал, что он осматривал раны, нанесённые этими лицами монахам во время рыбной ловли на Мухавце; раны были видны по всему телу; одни из них были сабельные, другие – огнестрельные. 28 октября 1749 г. поступила жалоба на архимандрита Кобринского монастыря Андрея (Белецкого), захватившего земли местных шляхтичей. Дело рассматривал на месте брацлавский подкоморий, затем его передали в Литовский трибунал, который поручил пинскому маршалку Орешку закончить разбирательство. Но тот, не закончив дела, вскоре уехал, чем ввёл дворян «в убытки». Впоследствии архимандрит Андрей (Белецкий) жаловался на шляхтичей Босяцкого и Пухальских, которые нанесли побои монастырским крестьянам и ограбили их. Когда крестьяне везли домой дрова из Верхолевской королевской пущи, шляхтичи захватили у них несколько волов и топоры. 2 мая 1750 г. архимандрит Андрей (Белецкий) жаловался на шляхтичей Осипа Славку и Зарембу, что «они уничтожили пограничный знак и наполовину снесли копец, разграничивавший монастырские земли от шляхетских, с целью завладения монастырской землёй, несмотря на то что копец этот был подтверждён комиссарами и засвидетельствован 22 свидетелями».