Среди икон упомянуты «образ Преображения Господня наместный, при нём гривна серебра, малая и великая витая, а две гривны витых, а гривна плоская невеликая, а другая гривна серебра плоская», другой образ Преображения Господня – «старый, при нём гривен серебряных витых две с камнями, то есть образ один на правом клиросе, и на левом клиросе образ Пресвятой Богородицы с Младенцем, гривен серебра при нём пять витых, а другой образ «О Тебе радуется», при нём три малых витых гривны. А образ Спасов Нерукотворенный». Согласно описи, Деисус был написан «на золоте, а под Деисусом праздников Господских пять образов, а десять невеликих. А врата Царские и с киотом на золоте, за правым клиросом Распятие Господне, в ней на золоте в алтаре Деисус малый на золоте, а образ вечери Господней на золоте; посередине церкви паникадило мосяжовое в девять свечей, а четыре подсвечника деревянных позолоченных». К середине XVI в. Кобринский монастырь владел селом Корчицы и несколькими дворами в сёлах Кустовичи и Брилёво, а также имениями Именин и Быстрица. Переход Кобринского монастыря под патронат Ягеллонов практически вывел обитель из-под власти епархиальных архиереев. С этого времени Кобринский монастырь управлялся настоятелями, назначаемыми королём-католиком. В 1576 г. польский король Стефан Баторий отдал Кобринский монастырь, который «держал дотоле какой-то Василий Григорьевич, – дворянину Николаю Кирдеевичу в пожизненное управление». 7 февраля 1586 г. король передал Кобринский монастырь волынскому православному шляхтичу Ивану Гоголю-Богушевичу при условии, что он примет сан (см. Иона (Гоголь-Богушевич) Иван Петрович). 11 июля 1590 г. И.П. Гоголь-Богушевич, «наречоный игумен Кобринский», подал жалобу земскому подкоморию Берестейского воеводства пану Николаю Пацу на местных земян панов Каспора Чановицкого, Олехна Ждановича, Петра Якубовича и др. Настоятель Кобринского монастыря обвинял их при новом обмере земель в захвате «уволоки» в старинном монастырском имении Именин. В жалобе И.П. Гоголь-Богушевич отмечал, что ранее «як дей продки его з давных часов тот кгрунт монастырский во Именине держали спокойнее, так и он дей сам в держанью был спокойном». В сентябре 1592 г. он принял постриг с именем Иона и стал последним православным настоятелем обители. 22 сентября 1595 г. от имени польского короля Сигизмунда III Вазы была выдана жалованная грамота архимандриту Ионе на Пинскую епархию, которую он получал право занять после кончины епископа Туровского и Пинского Леонтия (Пельчицкого). В будущем настоятель Кобринского монастыря должен был получить право на жалуемое владычество и на принадлежащие ему церковные имения. При этом в королевском пожаловании появились две статьи, которые не были «стариной» и в прежних грамотах не встречались. Во-первых, король «даровал» Ионе Пинское владычество «за поданьем» Киевского митрополита Михаила (Рогозы) и «за залеценьем» Владимирского и Берестейского епископа Ипатия Потея и Луцкого и Острожского епископа Кирилла (Терлецкого). Во-вторых, король Сигизмунд III Ваза заранее обязывал архимандрита Иону при замещении Пинской кафедры признать верховную власть папы Римского и навсегда перейти в его послушание.