В верхней части апсиды и стен главного нефа по всему периметру идёт декоративный фриз из керамических плиток, сверху и снизу обрамлённых поребриком. Другие карнизы и арочные обрамления окон также выложены поребриком. В середине ХХ в. с северной и западной сторон церкви был сооружен портик. В наосе, в нартексе и в галерее сохранилась значительная часть древней живописи. Только в нескольких местах (особенно в проходах из нартекса в наос) были добавлены отдельные, более поздние фигуры или композиции. Исследователи полагают, что ко времени появления этих вотивных композиций основная часть древних фресок уже была в плохом состоянии. Сохранение древнего облика церкви, по мнению исследователей, было преднамеренным: евангельские сцены, написанные в клеристории поверх старых, отделены от нижних зон ровно по границам старых композиций. Реконструкция иконографической программы первого слоя затруднена его фрагментарной сохранностью. В нефе (в основном, в софитах арок, разделяющих главный неф и боковые) остались многочисленные фигуры святых разных масштабов. Из сюжетных композиций сохранились только «Распятие» и «Страшный Суд» в нартексе. Композиция «Страшный Суд» занимает всю поверхность цилиндрического свода нартекса, стены и боковые поверхности лестницы, ведущей на галерею. На восточном склоне свода представлены апостолы, восседающие на престолах, с открытыми книгами в руках, между ними – ангелы и архангелы со скипетрами. На западном склоне среди апостолов восседает Спаситель. Над Ним в виде полукружия показан небесный свод, здесь же приведён текст из Откровения апостола Иоанна Богослова: «И небо скрылось, свившись как свиток» (Откр. 6:14). С северной стороны в узком простенке изображены ангелы, сталкивающие грешников в ад, на северной стене – ангел с весами, рядом ещё несколько сцен. Это подробное изображение «Страшного Суда» – одно из самых ранних в христианском искусстве. В композиционном решении явно прослеживается тяготение к структурности и декоративности: симметрично изображены ангелы и апостолы, геометрические узоры и драгоценные камни на престолах, орнаментально трактованные формы ангельских крыльев. Статичные фигуры ангелов и апостолов имеют правильные пропорции. Фигуры, показанные в движении, уравновешенны и спокойны. В живописи фона и одежд использовано всего три – четыре цвета. Преобладает плоскостная схематичная трактовка форм с акцентированной линеарностью драпировок, образующих отдельные геометрические формы. В подготовительном рисунке ликов (живописный слой не сохранился) просматриваются упрощённые, крупные черты. С. Пелеканидис в росписях первого слоя церкви первомученика Стефана выделил манеру двух художников. По его мнению, художнику «А» принадлежит композиция «Страшный Суд». Мастер «В», для которого характерна большая пластичность в трактовке фигур и драпировок, исполнил некоторых святых, например, две фигуры в северо-восточной арке, разделяющей главный и боковой нефы. Состояние живописи затрудняет для исследователей суждение о различиях в манере мастеров. Тем не менее, по стилю и характеру эту роспись в целом они могут сопоставить с другими произведениями монументальной живописи периода Македонской династии.