Касторийская община просила экзарха рукоположить во иерея иеродиакона Григория (Бейдова) и назначить его председателем общины. В 1897 г. для Касторийской и ряда других епархий с болгарским и со смешанным населением экзарх Иосиф I сумел добиться признания председателей церковных общин наместниками Экзархата, обладавшими правом урегулирования всех вопросов церковной жизни и народного просвещения. Таким образом, до 1912 г. на территории Касторийской митрополии параллельно существовали греческие и болгарские церковные организации. Стремление греческого и болгарского населения воссоединиться соответственно с Грецией и Болгарией привело к вооружённым конфликтам, известным как «борьба за Македонию». Первые греческие военизированные отряды на территории епархии были организованы по инициативе Касторийского митрополита Германа (Каравангелиса). Кастория была включена в греческое государство 11 ноября 1912 г., в день памяти великомученика Мины. В 1928 г. Касторийской митрополии вошла в состав Элладской православной церкви вместе с другими митрополиями «новых земель». В 1949 г. в Касторийской митрополии насчитывалось 118 церквей (число парекклисионов неизв.), в 1965 г. – 118 и 146 парекклисионов, в 2012 г. – 122 приходских храма, 100 парекклисионов, 130 экзоклиссионов, 21 кладбищенская церковь, 8 монастырских храмов. Действующие монастыри: четыре мужских – св. Бессребреников близ села Мелисотопос (основан в 1080 или 1085 г., восстанавливался в 1457 и 1754 гг.), св. Параскевы близ села Васильяда (основан в 1967 г.), Пресвятой Богородицы Мавриотиссы близ Кастории (основан в 1082 г.), великомученика Георгия Победоносца близ Эптахори (воссоздаётся, храм 1625 г., фрески 1632 г.); четыре женских – Рождества Пресвятой Богородицы близ Клисуры (основан в 1314 г. или в середине XV в., возрождён в 1993 г.), святителя Николая Чудотворца (Цирилову) близ Корисоса (основан в 1500 г.), Пресвятой Богородицы Фанеромени близ Айия-Кириаки (основан в 2006 г.), великомученика Георгия Победоносца близ Меланди (основан в 2008 г.). Возрождённый в 2005 г. монастырь равноапостольных Константина и Елены близ Вогацико (основан в 1882 г., церковь построена в 1975 г.) хотя и расположен в номе Кастория, принадлежит не Касторийской митрополии, а Сисанийской и Сьятистской митрополии. Не действующие монастыри: св. Бессребреников в Кастории (основан во второй половины X или, скорее, в первой половины XI в.), великомученика Георгия Победоносца в Оморфоклисье (XIII в.), св. Таксиархов (Цукас) близ Несторио (1255 г., восстановлен в 1763 г.), великомученика Георгия Победоносца «ту Вуну» в Кастории (XIV в.), Пресвятой Богородицы Фанеромени в Кастории (XIV в.), Введения во храм Пресвятой Богородицы в квартале Варлаам в Кастории (1614 г.), святителя Афанасия Великого (Зиковистас) близ Спилиоса (1629 г.), пророка Захарии в долине Грамос (XVII в.), святителя Николая Чудотворца близ села Коромилья (1716 г.), св. Таксиархов близ Аэтоса (1890 г.) и др. В епархии открыты школа византийской музыки «Святой Мина», центр профилактики наркомании, церковный дом престарелых, названный в честь Л. и А. Ризу, ежедневно раздаются обеды неимущим. В настоящее время создаётся церковный музей Касторийской митрополии. В 2010 г. Бобруйское викариатство и Касторийская митрополия стали епархиями-побратимами, поскольку названия обоих городов происходят от слова «бобр». Кроме того, оба архиерея носят имя Серафим. В июне 2010 г. епископ Бобруйский и Быховский Серафим (Белоножко) и мэр Бобруйска посетили Касторию.