Как полагают исследователи, с этим событием связано создание композиции (1259–1264 гг.) с изображением императора Михаила VIII на южном фасаде церкви Пресвятой Богородицы Мавриотиссы. Несмотря на политические изменения и войны, в первой половине XIII в. культурная жизнь в регионе продолжалась, и Кастория наряду с Охридом и Веррией была одним из основных художественных центров, важнейшим из которых была Фессалоника. Местная художественная традиция отличалась некоторым консерватизмом, но не была изолирована от общих для всего Балканского полуострова процессов. К XIII в. помимо упомянутых выше ктиторских композиций на фасадах храмов относится целый ряд памятников: второй слой росписи церкви первомученика Стефана (рубеж XII и XIII вв.) и более поздние отдельные композиции; поновленные фрески церкви Пресвятой Богородицы Мавриотиссы (вторая половина XIII в.); первый слой росписи церкви Панагии Кумбелидики (1260–1280 гг.); фрески церкви великомученика Георгия Победоносца в Оморфоклисье (1295–1317 гг.); многие иконы, в том числе рельефные. Однако искусство первой половины XIV в. в Касторийской митрополии не представлено ни фресками, ни иконами. В XIV в. Кастория процветала, Иоанн VI Кантакузин называл её великим городом. Около 1309 г. Иоанн II, фессалийский дука и правитель Новых Патр, женившись на Ирине, внебрачной дочери византийского императора Андроника II Палеолога, провозгласил себя дукой «Великой Влахии и Кастории» или «господином земель Афинских, Неопатрских и дукой Кастории». После 1318 и до 1332/1333 г. Кастория подчинялась византийскому вельможе Стефану Гавриилопулу. Во время гражданской войны между императорами Андроником II и Андроником III последний в 1328 г. занял Касторию. В 1334 г. из-за предательства полководца Сиргиана город захватили войска сербского короля Стефана IV Душана, но спустя несколько месяцев по мирному договору Кастория была возвращена Андронику III. Кастория была окончательно включена в состав сербского государства в 1342/1343 г. После смерти Стефана Душана в Кастории сначала правил его брат Симеон Урош, или Синиша (1356–1359 гг.), а затем Марко Кралевич и Остоя Райкович. Некоторые исследователи включали Касторию в состав владений Радослава Хлапена из-за ошибочного отождествления монастыря Месонисиотисса, чьим ктитором был этот правитель, с монастырём Мавриотисса близ Кастории. В 1380 г. Касторией завладели албанцы (Балша II Балшич, семья Музаки). При султане Мураде I, как полагают исследователи, в 1385 г., город был захвачен турками. С середины XV в. в Кастории стали производить меховые изделия, что привело к её экономическому расцвету. В середине XV в. в Кастории было 20 христианских, а также еврейский квартал, и одна мусульманская община. Из турецких реестров исследователи сделали вывод, что значительную часть христианского населения составляли славяне. Новый подъём художественной активности в Кастории пришёлся на вторую половину XIV и XV вв., когда городом владели сербы (c 1342/1343 г. до 1370 гг.), албанцы (до 1385 г.) и турки (с 1385 г.). В это время были обновлены некоторые старые храмы. Так, в правление Симеона Уроша, брата Стефана Душана, в 1359/1360 г. была украшена фресками церковь св. Таксиархов у Митрополии. Были построены и расписаны многие новые храмы: Николая Чудотворца «ту Кирици» и Георгия Победоносца «ту Вуну» (квартал великомученика Пантелеимона); Николая Чудотворца «ту Дзодза» и Пресвятой Богородицы Фанеромени (квартал Апостола Луки); святителя Николая Чудотворца «ту Петрити» (квартал Драгота).