Мечеть в Эль-Хидр действовала до 1948 г., в настоящее время в ней устроена еврейская синагога. Монастырь св. Маргариты (посвящённый, как полагают исследователи, великомученице Марине) впервые упоминается магистром Титмаром в 1217 г., который называет его киновией и сообщает, что в нём вместе жили греки и сирийцы. Другие паломники XIII в. указывают его точное местоположение – на уступе горы над пещерой пророка Илии, севернее монастыря кармелитов. По сведениям этих источников, в монастыре хранились мощи св. Маргариты и другие реликвии. Средневековая церковь находилась рядом с высеченной в скальной породе маленькой пещерой, которая, как и Эль-Хидр, именовалась пещерой пророка Илии. На самом деле она является древней цистерной, которая использовалась в византийское время как гробница. О судьбе монастыря после захвата мамлюками Акры в 1291 г. исследователям ничего не известно. Но с последней четверти XV в. появляются сведения о храме пророка Илии на вершине горы, над посвящённой ему пещерой: Франческо Суриано (1485 г.) и Вилхелм из Харлема (1498 г.) упоминают, что церковь была украшена фресками и мозаиками. Около 1598 г. храм был заброшен, в 1639 г. кармелит Филипп Пресвятой Троицы описывал полуразрушенную квадратную в плане церковь (сохранились две из четырёх арок, поддерживавших купол), но с устроенным кармелитами алтарём в пещере пророка Илии. На карте Хайфы, составленной Проспером Святого Духа (около 1631 – 1653 гг.), эта церковь обозначена как посвящённая не пророку Илии, а Пресвятой Деве. Исследователям известно, что в 1660 г. кармелиты использовали руины церкви для захоронений. Остатки строений были уничтожены при сооружении в 1831–1836 гг. на этом месте новой церкви кармелитского монастыря. Из сопоставления описаний паломников и отчёта кармелита Джамбаттисты св. Алексия (1723–1802 гг.) о раскопках 1767–1774 гг. Фридман сделал вывод, что четырёхстолпная церковь с куполом примыкала с северо-западной стороны к пещере пророка Илии. Функцию алтарной преграды выполняла стена из скальной породы, отделявшая основную часть церкви от алтарного пространства. В центре стены был высечен из того же материала престол. С восточной стороны алтарной преграды находилась вытесанная из камня купель, которую греки использовали для крещения. Ещё один небольшой престол был расположен с западной стороны северо-восточного столба, как полагают исследователи, когда в начале XVII в. в этой церкви совершали литургию православные греки, здесь был жертвенник. Устроенный в пещере алтарь имел неправильную полукруглую форму. Ступени вели в вытесанную в восточной части скалы погребальную камеру, которая была заложена кладкой. Джамбаттиста разобрал её и обнаружил кости, связанные железной цепью. Другое захоронение с греческой эпитафией (текст которой не зафиксирован Джамбаттистой) было обнаружено рядом с южной стеной. Что касается росписей, упомянутых путешественниками последней четверти XV в., то в 1767–1774 гг. от них остались только незначительные фрагменты в пещере. В южной стене был устроен мехраб, который указывает на то, что какое-то время это здание использовалось как мечеть.