Почитаемая иудеями, христианами и мусульманами пещера пророка Илии (араб. Эль-Хидр; или Школа пророков) расположена у подножия мыса и имеет выход в сторону моря. Она представляет собой большое вырубленное в скале пространство в форме параллелограмма (13,5х8,7х4,3 м) и ориентирована с юго-запада на северо-восток. В дальнем конце в стене была сделана прямоугольная ниша, где в древности находилась, как полагают исследователи, статуя языческого бога (скорее, всего Ваала). Стены покрыты более 150 граффити, подтверждающими культовое использование помещения в эллинистический и римский периоды. Граффити выполнены на греческом, латинском и еврейском языках, самые поздние исследователи датируют эпохой крестоносцев. Слева от входа в Эль-Хидр в восточной стене сделано углубление, которое христиане называли пещерой Пресвятой Девы и почитали как место остановки Святого Семейства во время возвращения из Египта. Пещера окружена вырубленными в скальной породе цистернами. О существовании здесь греческого монастыря во имя пророка Илии исследователям известно с 1170 гг. («Книга странствий» Вениамина Тудельского, булла римского папы Александра III аббатству Святой Марии Сионской). По мнению исследователей, именно этот монастырь на Кармиле описал Иоанн Фока (1185 г.): «На оконечности горной цепи у моря находится пещера пророка Илии... В этой стране древле был большой монастырь, как на это указывают и ныне ещё видимые остатки зданий... За несколько пред сим времени один муж, монах, иерей по сану, седой по волосам, родом из Калабрии, по откровению пророка прибывши сюда, в этих местах или на бывших строениях монастыря устроив маленькую ограду, и воздвигши малый храм, и собравши братии человек десять, ныне то святое место населяет» (Иоанн Фока. «Сказание вкратце о городах и странах от Антиохии до Иерусалима, также Сирии, Финикии и о св. местах Палестины конца XII в.»). Исследователи считают маловероятным предложенное некоторыми историками отождествление этого подвижника с католическим св. Бертольдом, предшественником католического св. Брокарда, который считается формальным основателем Ордена кармелитов, поскольку кармелитский монастырь был расположен не у моря, а в Вади-эс-Сия. Монастырь пророка Илии действовал ещё в последней четверти XIII в. (он упоминается в договоре крестоносцев с египетским султаном аль-Мансуром Калавуном). Паломники сообщают о чудотворном источнике у пещеры. Исследователям неизвестно, как долго эта обитель просуществовала после падения в 1291 г. единственного оставшегося оплота крестоносцев – Акры. По мнению Д. Прингла, монастырские строения находились вокруг пещеры, скорее всего, немного выше над ней (внутри пещеры была устроена церковь), но неизвестно, насколько высоко по склону располагались жилища монахов. Когда в 1631 г. на Кармил прибыл кармелит Проспер Святого Духа (ум. в 1653 г., он устроил еремиторий в одной из пещер над Эль-Хидр, где в то время действовала мечеть, хотя мусульмане позволяли кармелитам совершать мессу в пещере Пресвятой Девы. Однако через два года монашеская община, возглавляемая Проспером, переселилась выше по склону, туда, где находился греческий монастырь св. Маргариты.