К северу от церкви, по свидетельству Джамбаттисты, находились руины монастырских строений, но он не зарисовал их планировку. По предположению Фридмана, в V–VI вв. пещера пророка Илии использовалась в качестве погребальной часовни византийского монастыря, который располагался на месте современного маяка. Ещё до начала эпохи Крестовых походов она была превращена в мечеть. После прихода крестоносцев в 1099 г. греки не смогли восстановить монастырь на прежнем месте из-за его близости к замку тамплиеров и перенесли обитель на место погребальной часовни. Д. Прингл считает наиболее вероятным, что монастырь св. Маргариты был основан после третьего Крестового похода 1189–1192 гг., а вышеописанную церковь над пещерой пророка Илии предположительно датирует концом XII – началом XIII вв. Католические монахи появились на Кармиле в Вади-эс-Сия в конце XII – начале XIII вв., после того как в ходе третьего Крестового похода были отвоёваны у сельджуков ряд приморских крепостей и городов, включая Хайфу. Тем не менее, Б.З. Кедар не исключает, что латинские отшельники могли поселиться там и раньше, в XII в. Иного мнения придерживается Фридман, который считает, что до кармелитов на этом месте жили греческие монахи. Первым документом, свидетельствующим о присутствии на Кармиле латинских отшельников, является устав, составленный в 1209–1214 гг. св. Альбертом, латинским патриархом Иерусалима (1205–1214 гг.; с резиденцией в Акре). Он был утверждён римскими папами Гонорием III (январь 1226 г.) и Григорием IX (1229 г.) и отредактирован Иннокентием IV (1 октября 1247 г; об основании монастыря см. подробнее в ст. Кармелиты). Почитание пророка Илии было тесно связано в богословских идеях Ордена кармелитов с почитанием Пресвятой Богородицы. По кармелитской легенде, на Кармиле Илия получил откровение о приснодевстве Богородицы и решил следовать образцу святой непорочной жизни, основав со своими учениками первую протомонашескую общину. Жак де Витри, епископ Акрский (1216–1228 гг.), указывал, что кармелиты жили около источника пророка Илии и недалеко от греческого монастыря св. Маргариты. Этот источник, называемый ныне Айн-эс-Сия, находится в 200 м ниже по склону. Но к юго-востоку от монастыря есть другой источник – Айн-Умм-эль-Фарадж. В XIII в. именно он снабжал водой монашескую общину. Благодаря обилию воды насельники могли заниматься террасированным сельским хозяйством (в долине сохранились остатки террас). Французский паломник (около 1231 г.) уточняет, что кармелитский монастырь отстоял от греческого на 1,5 лье (т.е. примерно на 6,7 км), и упоминает находящуюся в нём небольшую церковь Пресвятой Богородицы. В конце 1230 – 1240 гг. часть кармелитов из-за мусульманской угрозы начала переселяться в Западную Европу и основывать там свои учреждения. С увеличением Ордена небольшой монастырь кармелитов стал нуждаться в расширении. В феврале 1263 г. папа Урбан IV издал буллу, призывавшую верующих жертвовать на строительство монастыря на горе Кармил. Однако после того как в 1291 г. крестоносцы утратили Акру, монастырь был разрушен. Кармелиты, как и другие монашеские Ордены, переселились в Европу. На Кармиле от первого кармелитского монастыря сохранились руины церкви и несколько построек, раскопанные францисканцем Беллармино Багатти (1958, 1960, 1961 г.) и американским археологом Э. Нитовски (1987–1991 гг.).