Помимо исполнения пастырских обязанностей епископы обладали широкими административными полномочиями: вершили суд, собирали налоги, занимались созывом ополчения, благодаря чему власть епископа оказалась фактически приравнена к полномочиям графа, светского правителя территории. Кроме того, епископы привлекались к участию в королевском совете, посольствах, миссиях и военных кампаниях. Подобно графам, епископы периодически отчитывались перед королём о своей деятельности. Карл Великий нередко вмешивался в процесс избрания того или иного епископа. Политика короля в отношении, по крайней мере, высших церковных постов носила такой же персональный характер, как и в отношении светской администрации. Многие епископы начинали карьеру в королевской капелле, получали образование в придворной школе, долгое время работали в качестве нотариев и королевских посланников. Верная служба, а также близкие и особо доверительные отношения с королём позволяли им надеяться на получение епископской кафедры или места аббата в крупном имперском монастыре. «Епископские республики» меровингских времён, столетиями находившиеся в руках могущественных аристократических родов, были уничтожены. Важные в церковном и политическом отношении кафедры (Мец, Реймс и др.) на протяжении многих лет Карл Великий оставлял вакантными, держал под личным контролем, сам распоряжался доходами, а затем ставил на них своих людей. На ключевые церковные должности Карл Великий нередко назначал хорошо образованных мирян, имевших опыт управления. Многими крупными монастырями успешно руководили графы-аббаты, сумевшие наладить в обителях не только религиозную, но и хозяйственную жизнь. Помимо молитвы монахи занимались сельским хозяйством, организацией больниц, школ и скрипториев, миссионерской деятельностью, благотворительностью. Во второй половине VIII в. стала интенсивно формироваться система церковных приходов. Карл Великий оказывал существенную материальную поддержку церковным институтам: жаловал земли и привилегии церквам и монастырям, брал их под королевское покровительство, а также поддерживал начинания христианских миссионеров, организовывал епископства, основывал монастыри, наказывал сопротивлявшихся христианизации язычников и т.д. Существенным элементом политической стабильности были и союзнические отношения с Папским престолом. В обмен на военную и политическую поддержку в борьбе с лангобардами и в отношениях с Византией папа Стефан II (III) короновал в 754 г. Пипина III Короткого, фактически легитимировав захват им власти. При Карле Великом политические и дипломатические контакты с Римом стали регулярными и оставались выгодными для обеих сторон. В 781 г. папа Адриан I помазал на царство сыновей Карла Великого от Хильдегарды: Карломан был провозглашён королём Италии, а Пипин – Аквитании. Несколько лет спустя папа послал Карлу Великому акты седьмого Вселенского собора (787 г.), направленного против иконоборчества. В составленных после изучения соборных актов «Liber Carolini» (также «Opus Caroli regis contra synodum»; между 789 и 791 гг.) излагались взгляды франкских богословов на проблемы иконопочитания.