Исследователи полагают, что Василий Флоров писал о «капитоновщине». По-видимому, последователи Капитона оказали влияние на формирование в 1690 гг. беспоповских согласий (см. Беспоповцы), районом первоначального распространения которых стал Север России. В мировоззрении позднейших беспоповцев отразились основные черты учения Капитона, в первую очередь, представление о воцарившемся антихристе и об исчезновении в этих условиях таинств и церковной иерархии. «Капитоновщина» имела не только антицерковную, но и ярко выраженную антигосударственную направленность. Серапион сообщил о критике суздальскими и гороховецкими пустынниками царской власти. Рязанский архиепископ Иларион доносил царю, что вязниковские последователи Капитона «без всякаго опаства на твою благочестивую державу всякия хулы износят». По мнению исследователей, они учили о том, что царь Алексей Михайлович был антихристом (или одним из «рожков антихристовых»). Последователи Капитона, по всей вероятности, участвовали в крестьянской войне под предводительством Степана Тимофеевича  Разина в 1670–1671 гг. После разгрома восстания «капитоны» появились в Соловецком в честь Преображения Господня монастыре и стали руководителями обороны монастыря от правительственных войск во время Соловецкого восстания. Выходец из Соловецкого монастыря Пахомий сообщил: «А в монастырь-де в разиновщину пришли многие капитоны – чернцы и белцы – из понизовых городов... А в монастыре заперлись и сели насмерть... и стало у них за воровство и за капитонство, а не за веру стоять». Сильвестр (Медведев) и Андрей Артамонович Матвеев называют «капитонов» зачинщиками Московского восстания 1682 г. К началу XVIII в. «капитоновщина», как полагают исследователи, прекратила существование (Александр Ильич Клибанов считал, что движение исчезло сразу после смерти основателя, растворившись в большом количестве сект). По мнению исследователей, какая-то часть последователей Капитона присоединилась к беспоповщине, другая часть образовала небольшие секты: в конце XVII в. исследователям были известны вышедшие из «капитоновщины» «волосатовщина» (последователи Василия Волосатого, насаждавшего самоуморение), «кузминщина» (члены секты отрицали «пение и служение церковное») и др. У хлыстов существует предание о том, что легендарный основатель хлыстовства Данила Филиппов являлся учеником Капитона. Однако в источниках конца XVII в. «лжехристовщина» (хлыстовство) и «непоповщина» («капитоновщина») различаются. Митрополит Игнатий (Римский-Корсаков) описал близкую к «капитоновщине» секту «подрешетников» – последователей крестьянина Ефима (Ефрема) Подрешетника, которого митрополит Игнатий считал учеником Капитона. «Подрешетники» в конце XVII в. жили «в пределах... Кинешемских, и Решемских, и на Плёсе». В XIX в. «подрешетниками» называли себя хлысты, жившие около Плёса, другое название секты – «купидоны» – является испорченным вариантом слова «капитоны». Как и старообрядцы и ученики Капитона, «купидоны» почитали старопечатные книги, но их хлыстовское учение не совпадало с «капитоновщиной». По мнению исследователей, предание о связи хлыстов с Капитоном возникло в данном ответвлении хлыстовства, существовавшем в районе, где прежде были сильны традиции «капитоновщины».