По мнению исследоватеелй, вследствие таких настроений Капитона два придела в построенной при нём монастырской Троицкой церкви остались не освящёнными и без антиминсов, что было исправлено позднее. Аскетизм и критика недостойного поведения духовенства сближают Капитона с движением провинциальных «ревнителей благочестия», которые на началах церковного и нравственного обновления народной жизни стремились к преодолению разрушительных последствий Смутного времени. Движение «ревнителей» распространилось в Верхнем Поволжье в 1620–1640 гг. и было поддержано центральной светской и духовной властью. Как и первые «ревнители», Капитон и его ученики подвизались на поволжских землях, вначале их активно поддержал царь. Крайности позиции Капитона не были свойственны «ревнителям благочестия», не отрицавшим иерархию и таинства. Тем не менее, многие из лидеров движения обновления стали вождями и учителями старообрядчества, отдельные течения которого уже к концу XVII в. учили об утрате «истинного священства» (на связь Капитона с движением «боголюбцев» указывал Сергей Михайлович Соловьёв). В 1639 г. в Троицкий монастырь для расследования «неистовства» Капитона прибыл строитель Преображенского монастыря в селе Даниловском Пимен в сопровождении людей ярославского воеводы. Иеромонах Мирон и старцы Троицкого монастыря заявили прибывшим, что «им Капитонова ученья не оставливать, а тебя (Пимена) ни в чём не слушать». В челобитной царю Пимен доносил, что монахи, собранные Капитоном, ушли из Троицкого монастыря. По указной грамоте от 22 ноября 1639 г. Преображенский монастырь в Даниловском был упразднён, его насельники перешли в Троицкий монастырь. Был ли взят тогда под стражу Капитон, исследователям неизвестно. Исследователи предполагают, что с 1639 г. он содержался в ярославском Спасо-Преображенском монастыре, затем был сослан в Тобольск, в 1640 гг. содержался при Тобольском архиерейском доме, откуда бежал вместе с несколькими учениками. В начале 1640 гг. власти не знали о его местонахождении. В начале 1650 гг. новые «Капитоновы кельи» появились в Костромском уезде. Грамотой царя Алексея Михайловича от 31 октября 1651 г. костромскому воеводе Юрию Михайловичу Аксакову и подьячему Родиону Борзову указывалось «взять на реке Шаче Костромского уезда... в келиях старца Капитона старцев и мирских людей, робят, которые в тех келиях живут, и быть им до нашего указа у вас в Ипацком и Богоявленском монастырях... никуда не пущать да держать их крепко, чтоб не ушли». При вступлении в 1652 г. на Ростовскую кафедру митрополит Иона обратился к пастве с окружным посланием, в котором говорил о преследовании «расколников», не почитавших духовенство: «Аще... кто истиннаго пастыря и учителя: архимарита, или игумена, или попа, или дьякона поносити учнет, и мы на таковых расколников с Божиею помощию готовимся и таковых нам волков ловить будем». Капитон не был арестован, из разгромленных келий он ушёл в Шуйский уезд и до середины 1650 гг. находился в скитах около села Колбацкого (современный Ивановский район Ивановской области). После разорения и этих келий Капитон переселился под Вязники, где его застала богослужебная реформа (см. Никон, патриарх Московский и всея Руси). Капитон стал резким противником изменений в церковной жизни, в его учении важное место заняла проповедь о состоявшемся приходе антихриста и скором конце мира.