До 1639 г., когда Капитон оставил монастырь, здесь были возведены каменные храм во имя Святой Троицы с приделами Вознесения Господня и Иоанна Белоградского и колокольня над трапезной, кроме того, поставлены восемь братских келий, пекарня, другие хозяйственные постройки. «В житии жесточество» привлекало к Капитону множество учеников, считавших его «свята суща», среди последователей пустынника было много молодёжи. Неподалёку от Троицкого монастыря, на земле, которую Капитон выменял у крестьян, он основал для своих учеников две пустыни: женскую близ деревни Морозово и рядом с ней мужскую. Однако «учение и уставство» Капитона имели нецерковный характер. В 1639 г. последовал донос на Капитона патриарху Московскому и всея Руси Иоасафу I от бывшего архимандрита рязанского в честь Преображения Господня монастыря Герасима, жившего в Троицкой обители. В царской грамоте от 22 августа 1639 г. ярославскому воеводе Перфилию Ивановичу Секирину и дьяку Пятою Фалалеевичу Филатову предписывалось привезти Капитона в ярославский в честь Преображения Господня мужской монастырь и «отдать под крепкий начал старцу духовному и искусну». О содержании «Капитонова учения и уставства» исследователи судят на основании царских грамот 1639 г. по делу Капитона и его последователей в Троицком монастыре (грамота от 22 августа и грамота от 22 ноября Пимену, строителю Преображенского монастыря в селе Даниловском). В грамоте от 22 августа 1639 г. предписывалось в Троицком монастыре «пост иметь как в иных прочих монастырях Российского государства бывает». О том, что Капитон насаждал среди своих последователей чрезмерно строгий пост, свидетельствовали архимандрит Игнатий (Римский-Корсаков) и Евфросин. Игнатий писал: «Исперва убе крепце нудящася воздержанми: да ни в праздник Рождества... хотяще сыра, и масла, и рыбы вкушати, ниже на святую Пасху... разве точию от семен, и ягодичия, и прочих растущих от земли». Капитон велел братии на Пасху «червленаго горькаго цыбула, сиречь луковицы, и вместо яиц в премену христианския любве имети» (ср. высказывание учеников Капитона: «В нынешнее время Христос не милостив, пришлых на покаяние не приемлет»). Евфросин отметил, что Капитон «кое во что нача вводити по самосмышлению: учеником суботу разсудил по-жидовски поститися и потом иная, якобы от вышния святости». В 1660 гг. отказ от употребления молочной, мясной пищи и рыбы был признаком принадлежности к последователям Капитона. По мнению исследователей, во второй половине 1630 гг. Капитон пришёл к отрицанию церковной иерархии и таинств. Из царских грамот исследователям известно, что ученики Капитона не присутствовали на богослужении в Троицком монастыре. В предписании о содержании Капитона «под крепким началом» особо указано на то, чтобы ему «к церкви Божией к пению ходить». Сурово-аскетическая жизнь Капитона («вышняя святость») привела его к осуждению священнослужителей, не отличавшихся аскетизмом (Капитон не хотел принимать благословение у священника, «мало себе в пищу попустивша» и «упившася до веселия»). О последователях Капитона Евфросин писал, что они «именуются староверцы, а таинства и старыя веры бегут и всякова священнодейства отбегают».