К 1848 г. под его наблюдением в Новоархангельске был возведён трёхпрестольный кафедральный собор во имя архангела Михаила; в 1841–1850 гг. построены церковь в архиерейском доме и церковь для тлинкитов в Новоархангельске, храмы в Кенае, Нушагаке и Куикпаке. В мае 1849 г. – апреле 1850 г. епископ Иннокентий совершил четвёртое путешествие для обозрения Камчатской епархии, об обстоятельствах и о результатах которого доложил Синоду в отчёте от 5 мая 1850 г. Он предлагал открыть новые миссии для тлинкитов и чукчей, прислать миссионеров и предоставить больше средств, оказать помощь в устроении монастыря и православного братства на Камчатке, увеличить оклады клирикам камчатских и охотских храмов; указывал на недостаток на Камчатке церквей, а также больниц и богаделен при храмах, отмечал увеличение православной паствы в епархии (с 16 268 человек в 1841 г. до 23 130 человек в 1849 г.). В августе 1850 г. – апреле 1851 г. Иннокентий учредил на Камчатке Гижигинскую миссию во главе со священником Львом Поповым. В январе-мае 1852 г. неофициально посетил Якутск, ознакомился с положением церковных дел в Якутской области, которая готовилась к переводу из Иркутской епархии в Камчатскую. В письме 21 мая 1851 г. митрополиту Московскому и Коломенскому Филарету (Дроздову) епископ Иннокентий сообщал, что «из всех разноплеменных инородцев, обитающих в пространстве Гижигинского округа, доныне просвещены св. крещением одни только Тунгусы (все до одного) и несколько Коряков…, а с 1844 г. начали креститься чукчи, живущие вблизи реки Анадыри. Все же прочие инородцы..., бродячие Коряки и другие, живущие осёдло на берегах Берингова моря, между Олюторцами и устьев реки Анадыри, и даже Пареньцы и Каменцы… остаются ещё во тьме и сени смертной… И потому, призвав в помощь Спасителя мира, я поручил вновь определённому к Гижигинской церкви священнику Льву Попову проповедовать Евангелие Корякам и прочим инородцам, обитающим в Гижигинском округе, делая для этого разъезды». Святитель писал, что с 1844 по 1851 гг. крестилось 2940 «чукоч обоего пола». Епископ отмечал изменения «на лучшее», происшедшие с 1843 г. с коряками: они «стали кротче, приветливее и усерднее». Такой перемене больше всех содействовал священник Лев Попов, «которого они очень полюбили». В 1862 г. на пожертвования гижигинского купца П.П. Брагина при помощи местных жителей в селе Маркове была построена церковь Николая Чудотворца, при храме «стала действовать новая Анадырская миссия; Гижигинскую походную церковь переименовали в Корякскую миссию». Однако после назначения в 1868 г. Иннокентия на Московскую кафедру миссионерская деятельность на Камчатке пришла в упадок: активизировались шаманы, появились жертвенники и деревянные истуканы. В 1898 г. Камчатская, Курильская и Благовещенская епархия была разделена на две. В состав вновь учреждённой Владивостокской епархии вместе с 12 церквами Гижигинского и Петропавловского округов (благочиний) и Командорских островов вошли и две миссии: Гижигинская походная (Корякская) и Анадырская (село Марково).