По ходатайству начальника миссии и по его чертежам построены церкви на реках Тигиле, Иче и Ключевке, в Верхнекамчатском остроге молитвенный дом преобразован в церковь. Благодаря усилиям миссионеров крестилось около 4 тыс. жителей Камчатки. Архимандрит Иоасаф совершил четыре путешествия по полуострову Камчатка. В январе-феврале 1746 г. на севере Камчатки произошёл бунт коряков, юкагиров и алюторцев, к которым присоединились крещёные ительмены. Но причиной бунта послужили злоупотребления казаков и сборщиков ясака, а не христианизация, как безосновательно указывается в ряде источников (бунтовщики не рушили крестов). Во время беспорядков местных жителей были убиты иеромонах Флавиан, посланный крестить чукчей, студент В. Кочуров, дьячок Ф. Смирнов, пономарь В. Решетков, а также сорок солдат и 12 сборщиков ясака. В мае 1750 г. архимандрит Иоасаф покинул Камчатку в связи с хиротонией во епископа Иркутского (на место епископа Иннокентия (Неруновича), скончавшегося в 1747 г.). Миссию возглавил иеромонах Пахомий. Он же стал «управителем» камчатскими церквами и причтами, сменив на этом служении умершего 28 марта 1749 г. священника Ермолая Иванова. 7 марта 1751 г. архимандрит Иоасаф сообщал в Синод о крещении почти всех коренных камчатских жителей (за исключением кочевавших в малодоступных удалённых местах): «Окрещённых на Камчатке всех прежде и вновь окрещённых ясашных и неясашных обоего пола иноземцев 7776 человек». 31 декабря 1761 г. на Камчатку доставили указ Синода от 22 июня 1758 г. об упразднении миссии. Иркутский святитель Софроний (Кристалевский) писал в Синод, что церквами на полуострове управляет член Камчатской духовной миссии протоиерей Стефан Никифоров. Весной 1762 г. иеромонах Пахомий с иеродиаконом Авксентием и несколькими студентами покинули полуостров. Студенты П. Логинов и П. Грязной по собственному желанию остались на Камчатке для дальнейшего служения. К началу 1760 гг. на Камчатке насчитывалось семь церквей с 9959 прихожанами. К особенностям этого периода исследователи относят тесное сотрудничество миссионеров с приходскими священниками и клиром. Миссионеры совершали требы в обширнейших по территории приходах, а приходские священники обустраивали внутреннюю церковную жизнь новообращённых, крестили взрослых ительменов и коряков, оленеводов, сменивших кочевой образ жизни на осёдлый, полуосёдлых коренных жителей, «гуляющих с места на место» в поисках рыбных промыслов. Невзирая на то что приходские клирики подчинялись Иркутскому епископу, а миссия – Синоду, в целом церковной жизнью на полуострове руководил архимандрит Иоасаф (Хотунцевский). Он обладал большими полномочиями и авторитетом как среди причта, русского населения и аборигенов, так и среди атаманов, офицеров, приказных, «закащиков», промышленников и проч. По форме такая организация духовной жизни напоминала епархиальное викариатство. «Камчатский архимандрит» в доношениях в Синод поднимал вопрос об учреждении на Камчатке отдельной епархии. Исследователи признают значительным вклад в миссионерскую деятельность приходских священников. С ноября 1764 г. по апрель 1765 г. настоятель ключевской церкви священник Максим Лазарев крестил в бассейне реки Карага и в олюторских острожках 69 коряков (олюторов).