Иннокентий учил юных миссионеров тому, что не только молитва, исполнение треб и проповедь Слова Божия могут привлечь в православие коряков и чукчей, долго сопротивлявшихся продвижению веры в приполярные районы. Большое значение имеют благочестивая жизнь священника, его нелицемерное служение людям и Богу, трудолюбие, нравственные устои и любовь к пастве. Примером стало служение священника Стефана Попова-Вениаминова, родного брата Иннокентия, который прибыл на Камчатку с малолетним сыном в сентябре 1834 г. и вскоре был назначен настоятелем в строившуюся Николаевскую церковь в селе Лесная. Стефан обучил коряков разведению домашнего скота, строительству домов, объяснил устройство печей. При помощи учеников, прихожан-коряков, основал посёлок и «благовидную церковь» по русскому образцу. В 1843 г. по благословению епископа Иннокентия эта церковь была перенесена на реку Палану и стала называться лесновско-паланской Николаевской. В том же году он отправил на три года в Анадырь священника Романа Верещагина. В 1844–1849 гг. Роман Верещагин с пономарём И. Трифоновым крестил около 225 чукчей. В 1844 г. на базе гижигинской Спасской церкви была создана Анадырская миссия. Необходимость личного участия в делах миссий и приходов побуждала Иннокентия совершать далёкие рискованные путешествия по Камчатскому краю и Восточной Сибири. В 1842–1843 гг. он объехал всю епархию: 8 мая 1842 г. выехал из Новоархангельска (ныне Ситка, штат Аляска, США), посетил острова Уналашка, Еловый (ныне Спрус), Атка, Унга, Прибылова и Беринга; 19 августа прибыл в Петропавловск (ныне Петропавловск-Камчатский), служил в соборе св. апостолов Петра и Павла, в котором 17 сентября освятил придельный храм. Затем совершил переход через Чукотку и добрался до Охотска на собаках и оленях. Занимался устройством епархиальных дел и организацией миссий среди местных народов. Преодолев более 5 тыс. вёрст, 6 сентября 1843 г. вернулся на остров Баранова. В 1845–1846 гг. Иннокентий осуществил второе путешествие по Камчатской епархии: 2 июня 1845 г. прибыл в Петропавловск, 1 декабря того же года открыл в Новоархангельске духовную семинарию на базе училища вместо закрытой ранее семинарии в Петропавловске. 2 июля 1845 г. он писал обер-прокурору Синода Николаю Александровичу Протасову, что задачей просвещения должно быть укоренение, прежде всего, благочестия и нравственности среди детей: «Измерение просвещения народного числом грамотеев, кажется, очень может быть ошибочно, потому что грамотность без нравственности у простого народа есть то же, что нож у своевольного ребёнка. Кто, большею частию, является причиной различных расколов? – Безнравственные грамотеи. И, следовательно, кто опаснее для спокойствия Отечества? – Безнравственные грамотеи». Святитель считал необходимым обучение детей при церквах и возложение преподавания на священников под надзором благочинных и архиереев. С мая 1846 г. по август 1847 г. Иннокентий путешествовал по Охотско-Камчатскому краю с остановкой в Аяне, занимался обозрением и строительством церквей и часовен.