В 1533 г. по случаю присвоения степени доктора теологии сразу трём кандидатам – Иоганну Бугенхагену (1485–1558 гг.), Каспару Круцигеру (1504–1548 гг.) и Иоганну Эпинию (1499–1553 гг.) – Виттенбергский университет посетил курфюрст Иоганн Фридрих Великодушный (1503–1554 гг.) и другие представители немецкой знати; на торжественном акте Йонас Юстус выступил с речью «О богословских степенях». Время прибытия Йонаса Юстуса в Виттенберг совпало с началом нового этапа реформирования городской религиозной жизни. В августе 1521 г. собрат Мартина Лютера по августинскому Ордену Габриель Цвиллинг (ум. в 1558 г.) выступил в проповеди с призывом изменить практику совершения мессы в соответствии с «евангельским учением»: ввести причащение мирян под обоими видами, убрать из богослужения упоминания о жертвоприношении и запретить служение так называемых частных месс, т.е. месс, которые воспринимались в народе как жертвоприношение за конкретного человека, и при служении которых не происходило общего причащения. Эти идеи были с энтузиазмом восприняты другими виттенбергскими реформатами, в том числе Йонасом Юстусом и Андреасом Карлштадтом, однако вызвали смуту в городе и в университете, где было достаточно приверженцев старых обычаев, недовольных нововведениями. Курфюрст Иоганн Фридрих и Спалатин призывали реформатов к сдержанности и осторожности, однако проповедники на общем собрании решили незамедлительно приступить к реформированию всех религиозных церемоний, и прежде всего, практики совершения мессы. На праздник Рождества Христова была совершена месса по новому чину, будничные мессы были отменены, и вместо них введены публичное чтение Священного Писания (псалмов) и проповедь. С одобрением сообщая в письме Вольфгангу Фабрициусу Капито (1487–1541 гг.) от 1 января 1522 г. о новой практике совершения мессы, Йонас Юстус отмечал, что община Виттенберга поступает в соответствии со «словом Божьим» и потому не правы те, кто упрекают реформатов в бесчинствах и в ереси. Важным этапом реформирования церковной жизни в Виттенберге, непосредственно отразившимся на жизни Йонаса Юстуса, стало принятие реформатами решения о допустимости для дававших ранее в католической церкви обет целибата священнослужителей и монахов вступать в брак. 8 января 1522 г. Йонас Юстус сообщал Иоанну Лангу, что Андреас Карлштадт вступил в «евангельский брак», став первым клириком из ближайшего лютеровского окружения, решившимся на это, и что сам он также раздумывает о необходимости такого шага. 9 февраля 1522 г. Йонас Юстус женился на Катарине Фальк, уроженке небольшого селения близ Виттенберга. После смерти Катарины в 1542 г. Йонас Юстус повторно женился на жительнице города Галле Магдалене, образованной девушке, которая, по словам Йонаса Юстуса, «хорошо знала философию, теологию и сочинения доктора Лютера» и поэтому оказывала ему серьёзную поддержку в пасторских трудах. Магдалена скончалась в 1549 г.; вскоре Йонас Юстус вступил в третий брак с Маргаритой Фарнрёдер из Наумбурга, которая была его спутницей до последних дней жизни.