К середине 1520 г. противостояние между Мартином Лютером и Папским престолом обострилось: после неудачного для него завершения лейпцигского диспута Иоанну Экку удалось добиться от папы Льва X (1513–1521 гг.) выпуска специальной буллы, в которой Мартину Лютеру под угрозой отлучения от католической церкви предписывалось осудить 41 его «заблуждение». Выпущенную 15 июня 1520 г. буллу, получившую известность под названием «Exsurge Domine» («Восстань, Господь»), Иоанн Экк доставил в Германию, предприняв ряд попыток огласить и опубликовать её в крупных городах. Первоначально Иоанн Экк планировал посетить в том числе и Эрфурт, однако затем отказался от этого намерения и лишь прислал текст буллы для оглашения и публикации. Хотя теологический факультет Эрфуртского университета санкционировал публикацию, Йонасу Юстусу и другим эрфуртским гуманистам удалось добиться от городских властей задержки публикации буллы; когда она всё же была опубликована, разъярённые студенты ворвались в типографию и уничтожили все отпечатанные экземпляры. В качестве ответа на буллу в Эрфурте был издан анонимный памфлет гуманистов «Эрфуртское извещение в защиту Мартина Лютера» («Intimatio Erphurdiana pro Martino Luther», 1520 г.), в котором язвительно высмеивалась и осуждалась деятельность Иоанна Экка и в составлении которого, как полагают исследователи, наряду с другими гуманистами принимал участие Йонас Юстус. Зимний семестр 1520/1521 гг. стал временем наибольшего торжества эрфуртских гуманистов. Избранный ректором Крот Рубеан, помещая свой герб в университетском мартикуле, окружил его 16 гербами; помимо гербов участников эрфуртского гуманистического кружка (в том числе и Йонас Юстус) были изображены гербы Мартина Лютера, Филиппа Меланхтона, Эразма Роттердамского, Рейхлина и Муциана. Эрфуртские гуманисты считали себя соратниками Мартина Лютера, единогласно поддерживали его и предполагали, что, объединив усилия, гуманистам удастся осуществить мирное реформирование католической церкви и христианского образования. По приглашению Крота Рубеана Мартин Лютер, направлявшийся на рейхстаг в Вормс, в начале апреля 1521 г. посетил Эрфурт, где был с триумфом принят гуманистами, студентами и жителями. Йонас Юстус встретил Мартина Лютера в Веймаре, сопровождал его по дороге в Эрфурт и далее вместе с ним отправился в Вормс. Именно пребывание вместе с Мартином Лютером в Вормсе окончательно определило выбор Йонаса Юстуса в пользу протестантизма и стало отправной точкой его отхода от умеренных взглядов Эразма Роттердамского. Героизм и горячность Мартина Лютера в отстаивании своих взглядов оказались более близки Йонасу Юстусу, чем осторожность и умеренность, к которым призывал его в нескольких письмах Эразм Роттердамский. Исследователям неизвестно, на каких именно заседаниях рейхстага присутствовал Йонас Юстус и насколько был вовлечён в сопутствующие дискуссии. По мнению некоторых исследователей, именно Йонас Юстус является автором «Деяний и свершений Мартина Лютера» («Acta et res gestae D. Martini Lutheri»), выпущенного анонимно трактата, в котором описываются события в Вормсе, происходившие с 16 по 25 апреля 1521 г.