Йонасу Юстусу принадлежат несколько стихотворных гимнов, являющихся вольным переложением библейских псалмов, содержание которых связывается Йонасом Юстусом с современной ему религиозной ситуацией. Гимн «Если бы не Господь был с нами» («Wo Gott der Herr nicht bey uns helt»; Пс. 123), который Йонас Юстус создал по просьбе Мартина Лютера, был опубликован в составе сборника «Энхиридион» («Eyn Enchiridion oder Handbuchlein», 1524 г.). Переложения ещё трёх псалмов были выполнены Йонасом Юстусом в 1540 гг., во время пребывания в Галле, и опубликованы отдельными изданиями: «Услышит вас Господь в день печали» («Der Herr erhor euch in der noth»; Пс. 20); «Господь Иисус Христос, мы наследие Твоё» («Herr Jhesu Christ, dein Erb wir sind»; Пс. 78); «Господь Иисус Христос, Ты – истинный Бог» («Herr Jhesu Christ, o warer Gott»; Пс. 20 и 70). Одним из наиболее ранних переводческих опытов Йонаса Юстуса стал перевод трактата Мартина Лютера «О рабстве воли», направленного против учения Эразма Роттердамского о свободе воли; перевод был издан под заглавием «О том, что не существует свободы воли» («Das der freie Wille nichts sey». Wittemberg, 1526 г.). В число других сочинений Мартина Лютера, переведённых Йонасом Юстусом на немецкий язык, входят: «Толкование на Книгу Екклесиаста» («Annotationes in Ecclesiasten», 1532 г.; немецкий перевод: «Ecclesiates, odder Prediger Salomo». Wittemberg, 1533 г.), «95 тезисов», «О монашеских обетах» («De votis monasticis», 1521 г.; немецкий перевод: «Von denn geystlichen und klostergelubden». Wittemberg, 1522 г.) и др. На латынь Йонас Юстус перевёл толкования Мартина Лютера на «Книгу пророка Ионы» (латинский перевод: «Enarrationes novae in Ionam Prophetam». Haganoae, 1530 г.) и на «Книгу премудрости Иисуса, сына Сирахова» (латинский перевод: «Liber Iesu Syrach». Vitembergae, 1538 г.), трактат «Против иудеев» («Von den Juden und ihren Lügen», 1543 г.; латинский перевод: «De iudaeis et eorum mendaciis». Francofurti, 1544 г.) и несколько других сочинений. Йонас Юстус перевёл с латыни на немецкий язык главный богословский труд Филиппа Меланхтона – «Общие места» («Loci communes»; немецкий перевод: «Loci communes, das ist, die furnemesten Artikel Christlicher lere». Wittenberg, 1536 г.), а также ряд других его важных сочинений, в том числе «Против учения анабаптистов» («Adversus anabaptistas iudicium»; немецкий перевод: «Wider die Lere der Widerteuffer». Wittemberg, 1528 г.), «Апология Аугсбургского исповедания» («Apologia Confessionis Augustanae»; немецкий перевод: «Apologia der Confession». Wittemberg, 1531 г.), «Толкование на Послание к Колоссянам» («Scholia in epistolam Pauli ad Colossenses»; немецкий перевод: «Die Epistel S. Pauli zum Colossern, durch Philippum Melanchton ym latein zum andern mal ausgelogt». (Wittenberg,) 1529 г.), «Толкование на “Книгу пророка Даниила”» («In Danielem prophetam Commentarius»; немецкий перевод: «Der Prophet Daniel, ausgelegt durch Ph. Melanchthon». Wittenberg, 1546 г.) и др. Йонас Юстус состоял в переписке со многими известными деятелями XVI в.: гуманистами, протестантскими проповедниками и богословами, светскими правителями; список его респондентов насчитывает более 70 человек. Научное издание писем Йонаса Юстуса было подготовлено в конце XIX в. немецким учёным Густавом Каверау (1884, 1885 гг.). Густав Каверау каталогизировал все известные на то время письма Йонаса Юстуса, а также адресованные ему письма других лиц и некоторые другие исторические документы, расположив их в хронологическом порядке. Для писем, изданных раньше в рамках собраний сочинений Филиппа Меланхтона и Мартина Лютера, приводятся лишь заглавия и отсылки к соответствующим изданиям. Некоторые письма Йонаса Юстуса, сохранившиеся в библиотеках и архивах Германии, остаются неизданными. Письма Йонаса Юстуса исследователи считают важным и в ряде случаев незаменимым источником сведений по истории немецкой Реформации.