Оскорблённый Йонас Юстус написал Мартину Лютеру, что окончательно порывает с Эразмом Роттердамским; в ответном письме Мартин Лютер хвалил его за решимость: «Поздравляю тебя... с твоим перерождением, благодаря которому ты теперь увидел Эразма в его настоящем цвете и верно признал в нём гадюку, преисполненную смертельными укусами..., я рад, что благодаря одному только прочтению «Гипераспистеса» ты так сильно преуспел и изменил своё суждение о нём». С этого времени отношение Йонаса Юстуса к Эразму Роттердамскому становится тождественным лютеровскому: впоследствии он неизменно характеризовал Эразма Роттердамского как лицемера и интригана, который трусостью и лживостью вредит распространению евангельского учения. 6 июня 1521 г. Йонас Юстус был официально введён в должность пробста церкви Всех святых. Хотя курфюрст согласился на назначение Йонаса Юстуса, при обсуждении условий его деятельности возникли сложности, связанные с тем, что, будучи пробстом, он должен был читать в университете лекции по каноническому праву, тогда как он намеревался посвятить себя исключительно теологии. В католических университетах кафедра канонического права была одной из наиболее почётных, однако реформаты считали всё каноническое право человеческими измышлениями, противоречащими Евангелию, поэтому Мартин Лютер настаивал на полном его упразднении. Как Мартин Лютер, так и Филипп Меланхтон поддержали Йонаса Юстуса в его нежелании заниматься каноническим правом и направили соответствующие письма курфюрсту Фридриху III. В адресованном Йонасу Юстусу посвящении трактата «Опровержение рассуждения Латомия» Мартин Лютер специально призывал его при рассмотрении «пагубнейших декреталий антихриста» («decretales Antichristi pestilentissimas») руководствоваться евангельским учением и критиковать их, вооружившись Евангелием. В результате долгих переговоров к осени 1521 г. Йонасу Юстусу удалось добиться разрешения преподавать теологию вместо права. При поддержке Андреаса Карлштадта, который был в отсутствие Мартина Лютера неформальным лидером протестантов в Виттенберге, руководившего Виттенбергским университетом, Йонас Юстус 24 сентября 1521 г. получил учёную степень лиценциата теологии, а 14 октября того же года стал доктором теологии. О деятельности Йонаса Юстуса в Виттенберге в качестве преподавателя теологии исследователям известно немного. Поскольку Йонас Юстус считал первостепенными задачами теологии исследование Священного Писания и систематизацию извлекаемого из Писания вероучительного содержания, большая часть его лекций была посвящена толкованию различных книг Ветхого и Нового Заветов; темой его первого лекционного курса было Послание к Римлянам. Сохранились тезисы нескольких богословских дискуссий, в которых Йонас Юстус участвовал в качестве доктора богословия; их предметом является учение апостола Павла о спасении и о церкви. С 1523 по 1533 гг. Йонас Юстус был бессменным деканом богословского факультета Виттенбергского университета; три раза (в 1526, 1531 и 1536 гг.) занимал пост ректора университета.