Переселение в Виттенберг стало завершением карьеры Йонаса Юстуса как учёного-гуманиста и началом его богословско-религиозной деятельности. Йонас Юстус и впоследствии поддерживал связь со многими эрфуртскими друзьями-гуманистами, однако его письма тем из них, кто не последовали за Мартином Лютером, становились более редкими и формальными по содержанию. О том, что Йонас Юстус постепенно становился чужим для тех гуманистов, которые решили оставаться верными религиозным идеалам Эразма Роттердамского, красноречиво свидетельствует письмо Эразму Роттердамскому Муциана, написанное в феврале 1524 г., в котором Муциан сетует на то, что «Йонас, Шальбе, Драконитес и Крот отделились от нашего сообщества и перешли к лютеранам». Переписка Йонаса Юстуса с Эразмом Роттердамским также вскоре прекратилась; последнее письмо, которое Йонас Юстус получил от Эразма Роттердамского, было датировано 13 июня 1521 г. В нём Эразм Роттердамский излагал жизнеописания английского гуманиста Джона Колета (1467–1519 гг.) и францисканца Жана Витрие (ум. до 1521 г.); на их примере Эразм Ротердамский пытался продемонстрировать Йонасу Юстусу возможность реформировать церковь, не порывая с ней. Исследователям неизвестно, ответил ли Йонас Юстус что-либо на это письмо. Вместе с тем Йонас Юстус, по мнению исследователей, не только сохранил уважение к Эразму Роттердамскому, но и пытался выступать его защитником перед Мартином Лютером, который уже к 1522 г. окончательно осознал невозможность союза с Эразмом Роттердамским и открыто называл его лицемером. Согласно воспоминаниям Мартина Лютера, Йонас Юстус постоянно говорил ему, что он должен относиться к Эразму Роттердамскому с почтением и писать против него с осторожностью. Мартин Лютер цитирует слова Йонаса Юстуса, обращённые к нему: «Учитель, Вы даже не представляете, какой он прекрасный человек и уважаемый старец». Хотя в невозможности совместить эразмовский и лютеровский подходы к вопросу о методе и принципах реформирования церковной жизни Йонас Юстус убедился ещё в начале 1520 гг., его отношение к Эразму Роттердамскому радикально изменилось лишь во время споров о человеческой воле, разгоревшихся после публикации в 1524 г. трактата Эразма Роттердамского «Диатриба, или Рассуждение о свободе воли» («De libero arbitrio diatribe sive collatio»). После создания Мартином Лютером ответного трактата «О рабстве воли» («De servo arbitrio», 1525 г.) Йонас Юстус перевёл его с латыни на немецкий язык, посвятив по просьбе Мартина Лютера перевод Альбрехту, графу Мансфельдскому. В посвящении Йонас Юстус высказывал уважение к Эразму Роттердамскому, называя его «любимым другом» и «поистине благородным человеком»; вместе с тем он твёрдо заявлял, что учение Эразма Роттердамского о свободе воли «противно Евангелию». Эразм Роттердамский откликнулся на трактат Мартина Лютера сочинениями «Гипераспистес I» («Hyperaspistes I», 1525 г.) и «Гипераспистес II» («Hyperaspistes II», 1527 г.); в этих произведениях он походя критически отзывался о Йонасе Юстусе как о помощнике Мартина Лютера, выполняющем за него чёрную работу.