Несмотря на единую иконографическую программу, образ святого на трёх иконах различается. На иконе из Музея изобразительных искусств Республики Карелия его облачение богато украшено золотым растительным орнаментом и отделано драгоценными камнями. У него высокий лоб, клиновидная борода до середины груди разделена на две пряди. На иконе из Третьяковской галереи Исидор выглядит старше, его борода более окладистая, волосы необычно длинные, спадающие на плечи волнистыми прядями. На иконах из Музея изобразительных искусств Республики Карелия и Третьяковской галереи рядом с Исидором изображён в молении отрок в белых одеждах. В стенописи галереи русских святых, созданной в академическом стиле иеродиаконами Паисием и Анатолием в Почаевской Успенской лавре (конец 1860 – 1870 гг., поновлена в 1970 гг. и около 2010 г.), Исидор включён в группу подвижников XV в. Известные исследователям единоличные изображения Исидора относятся ко времени его общерусской канонизации в 1897 г. Наибольшее распространение они получили в Эстонии. Так, среди икон, написанных на цинковых и медных досках для таллиннского Александро-Невского кафедрального собора в санкт-петербургской мастерской Александра Никаноровича Новоскольцева (1889–1899 гг.), существует ростовой образ Исидора, помещённый в соборе перед правым клиросом. На мозаичном панно, украшающем экстерьер собора, Исидор представлен вместе с князем Всеволодом (Гавриилом) Мстиславичем в кокошнике над северным входом в храм (работа Александра Никитича Фролова). В 1898 г. для братства во имя Исидора была создана хоругвь с его образом. Монахиня Иулиания (Соколова) – автор нескольких изображений Исидора. В альбоме игумена Марка (Лозинского) сохранилась фотография единоличной поясной иконы святого, написанной ею в 1962–1973 гг. На иконах «Все святые, в земле Русской просиявшие» 1934 г. (келейном образе Афанасия (Сахарова), Троице-Сергиева лавра), начала 1950 гг., конце 1950 гг. (Троице-Сергиева лавра) Исидор показан оглавно в группе Псковских святых. Лицевые святцы русских святых того же автора содержат изображение Исидора и Юрьевских мучеников под 8 января (после 1959 г. частное собрание). Существуют современные изображения Исидора, единоличные (поясные и ростовые) и в числе Юрьевских мучеников. На иконе «Священномученик Исидор и 72 мученика, с ним пострадавшие» (1999 г.; иконописец Николай Меркурьев) Исидор изображён стоящим на берегу реки, позади него – мученики на фоне города Дерпта. На Исидоре красная фелонь, синий подризник, жёлтая епитрахиль. Другая иконография Юрьевских мучеников представлена на иконе 2009 г. иконописца Георгия Георгиевича Яковлева, подаренной им старообрядческой церкви в эстонской деревне Казепя (Казапель). Центральная группа мучеников во главе с Исидором помещена на горке над протекающей на переднем плане рекой, остальные располагаются двумя группами по бокам на фоне городских стен; в облаках – благословляющий обеими руками Спаситель. На двух иконах «Собор Псковских святых» из Троицкого собора Псковского кремля (1982 г. и конца XX в.) Исидор находится в центре композиции, остальные Юрьевские мученики изображены отдельной большой группой справа вверху. Образ Исидора включён в состав изображённых на иконе «Собор святых земли Эстонской» из кафедрального собора во имя князя Александра Невского в Таллинне (2002 г.), на иконе из церкви Нарвской иконы Божьей Матери в эстонском городе Нарва (2005 г.; иконописец Наталья Масюкова) и на других иконах «Собор Эстонских святых».