Из краткой редакции Жития Исидора исследователям известно, что святой «живаше в латынех, во граде Юрьеве, в Роусском концы», служил священником «церкви святаго чюдотворца Николы и святаго великого мученика Георгия Галелейскаго». Служение Исидора в Юрьеве автор Жития относит ко времени пребывания на Новгородской и Псковской кафедре архиепископа Ионы: с 1 февраля 1459 г. по 8 ноября 1470 г. Согласно краткой редакции Жития, против Исидора выступил один из старейшин (ратман) Юрьева – «немчин»-католик Юрий, «еже зовяшеся Трясоголав», который подал жалобу на православных католическому Дерптскому епископу и «всем старишинам градским». Юрий заявил, что он «слышах от попа роускаго и от всех его крестьян, иже в нашем граде живоут, глаголя, яко нашоу веру хоулят и опресночнаа слоужения, еже мы служим, и оукаряють нас о сем, иже мы прияша от отець своих от многих лет, и свою христьянскоую веру добре похваляют... На многа хоуления окаянныи он немчин изрекь на святых и ярость подвиже бискупа и вельможь града того – безбожных немець». Исследователи полагают, что в краткой редакции Жития рассказывается о действиях Юргена Фокингузена, упоминающегося в связанных с Юрьевом источниках в 1468 г. (Фекингузены – ганзейские купцы, которые со второй половины XIV в. вели активную торговлю в Пруссии и Прибалтике; сомнения Антона Семёновича Будиловича в тождестве Юрия Трясоглава и Юргена Фокингузена исследователям представляются неоправданными.) В «Повести о Псково-Печерском монастыре» (ранние редакции созданы в начале XVI в.) отмечается, что преследование католиками православных в Юрьеве продолжалось длительное время: местный католический епископ закрывал православные церкви, изгонял и казнил священников. Около 1470 (или 1471) г. Юрьев покинул православный священник Иоанн (см. Иона, преподобный, Псково-Печерский), он перебрался в Псков и вскоре основал Псково-Печерский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь. В редакциях «Повести о Псково-Печерском монастыре», созданных в 1580 гг., сообщается, что в Юрьеве священник Иоанн служил в Никольской церкви вместе с Исидором. Ко времени мученической кончины Исидора Иоанн уже находился в Пскове (исследователи полагают, что составитель поздних редакций «Повести о Псково-Печерском монастыре» использовал Житие Исидора). На праздник Богоявления Исидор вместе с прихожанами Никольской церкви вышел на берег реки Эмбах (Омовжа, ныне Эмайыги), чтобы совершить освящение воды. Там православные были схвачены и приведены к католическому Дерптскому епископу на суд. Исидору и его пастве предлагалось перейти в католичество, но они ответили решительным отказом. Тогда «мучитель и вельможи градстии начаша ласканиемь оувещевати святых и многие почести воздающе им». Однако и это не имело успеха. Готовясь к страданию за веру, Исидор причастился сам и причастил паству, убеждал прихожан мужественно претерпеть мучение.