Не добившись от православных отказа от своей веры, Дерптский епископ приказал бросить их в Омовжу под лёд, что и было исполнено. Весной река разлилась, и «явишась телеса Христовых исповедников... И на горе некои и под древием, ничем не вредими, и вси святые во знак лежахоу на единем месте». Православные погребли останки святых близ Никольской церкви в Юрьеве. В пространной редакции (кроме того) содержится рассказ о пребывании Исидора и его «дружины» в темнице и о втором суде над ними. Согласно мнению И.И. Фетисова, это дополнение произвольно внёс Варлаам, чтобы «подогнать свой рассказ под схему “Мучений”». В редакциях Жития Исидора приведены различные сведения о числе мучеников, погибших вместе с ним: в краткой редакции сообщается о 73 прихожанах, в пространной редакции – о 72. В большинстве списков обеих редакций Жития Исидора и в ряде месяцесловов сказано, что Юрьевские мученики погибли 8 января 1472 г. («в лето 6980 генвар(я) в 8 д(е)н(ь)»; встречается также датировка события 1477 г.). По мнению исследователей, эти указания противоречат сообщению Жития о том, что мученики погибли, когда Новгородской епархией управлял архиепископ Иона, скончавшийся 8 ноября 1470 г. В распространённой редакции смерть Юрьевских мучеников датирована более подробно: событие произошло при великом князе Московском Иване III Васильевиче (1462–1505 гг.), Московском и всея Руси митрополите Филиппе I (1464–1473 гг.) и Новгородском архиепископе Ионе. В краткой редакции сказано: «В то же время бысть разратие поганым латыномь со псковичи». Однако ни в русских, ни в ливонских источниках нет известий о военных действиях между Ливонией и Псковом в 1472 г. В Месяцеслове троицкого келаря Симона (Азарьина) гибель Юрьевских мучеников отнесена к 1459 (6967) г. (Российская государственная библиотека, середина 1650 гг.), когда псковичи воевали с ливонцами; ливонцы нападали на православное население спорных земель, уничтожали православные храмы («Псковские летописи». М.; Л., 1941 г., выпуск 1). Наиболее крупные набеги немцев на Русский конец в Юрьеве исследователи относят к 1455 и 1461 гг. (в справочной литературе конца XIX – начала XX вв. исследователи иногда встречают ещё одну дату кончины Юрьевских мучеников – 1482 г.; её появление стало следствием опечатки в справочнике архимандрита Леонида (Кавелина)). Служба Юрьевским мученикам известна исследователям в списках начиная с XVII в. Она основана на распространённой редакции Жития Исидора, поэтому в ней прославляются помимо Исидора 72 мученика (в краткой редакции сообщается о 73 прихожанах, погибших вместе с ним). Первый храм в честь Юрьевских мучеников был заложен 16 мая 1896 г. в городе Валка (в 1920 г. разделён на города Валга (ныне в Эстонии) и Валка (ныне в Латвии)). В связи с этим событием в 1896 г. была составлена новая служба святым. В 1897 г. по указу Святейшего Синода Исидор и пострадавшие с ним 72 мученика были канонизированы. Юрьевские мученики входят в Соборы: Псковских святых (празднование установлено в 1987 г.), Эстонских святых (празднование установлено в 2002 г.).