В июне 1917 г. братство прекратило существование. Богослужения в Свято-Исидоровском храме совершались до его закрытия 25 февраля 1935 г. В 1920 гг. существовавший при приходской общине детский союз во главе со священником Карпом  Карловичем Эльбом занимался религиозным воспитанием детей, в том числе в интернатах и приютах; при храме действовал благовестнический миссионерский кружок. В 1923–1927 гг. в церковном доме работал обновленческий богословский институт (см. Обновленчество). После закрытия Свято-Исидоровской церкви часть её имущества была передана Николо-Богоявленскому собору в Санкт-Петербурге. В последующие годы храм был перестроен, купола снесены, уничтожено внутреннее убранство. В бывших церковных постройках действовали школа и детский сад, в 1941–1945 гг. здания были заняты военными, затем храм переделали под общежитие. В середине 1960 гг. купола церкви были восстановлены. Последним владельцем храма был комбинат художественно-оформительского искусства Художественного фонда. 30 ноября 1993 г. Свято-Исидоровская церковь была возвращена Санкт-Петербургской епархии. В 1994 г. были освящены Николаевский придел храма и часовня. На Пасху в 2004 г. состоялось первое после закрытия храма богослужение в верхнем храме во имя Исидора. 6 октября 2007 г. был освящён главный престол храма. В 2007 г. по благословению Корнилия (Якобса), митрополита Таллинского и всей Эстонии, учреждён орден трёх степеней и медаль во имя Исидора. Под 7 января облик Исидора описывается в иконописных подлинниках следующим образом: «Сед, брада Власиева, на конце повилась, ризы поповские, бакан, оплечие вохра, испод лазорь, а прочих стоит толпа стары и русы и млади» (Библиотека Академии Наук, конец XVIII в.). Подобные описания с незначительными вариациями приводятся в других подлинниках: в сводном подлиннике Георгия Дмитриевича Филимонова XVIII в. (Российская национальная библиотека, с добавлением: «... власы с ушей…»), 1830 гг. (Институт русского языка и литературы). В лицевом иконописном подлиннике последней трети XIX в., воспроизводящем протограф XVII в. (Российская национальная библиотека), помещён ростовой рисунок Исидора в виде старца в облачении священника (подризник, фелонь, епитрахиль), который обеими руками придерживает у груди книгу. У него аскетические черты лица, узкая борода до середины груди, разделённая на конце на несколько прядей. Изображение сопровождает краткая характеристика: «Сед, ризы бакан, испод лазорь». Исидор изображался на поморских иконах «Собор русских святых»: на иконе конца XVIII – начала XIX вв. (Музей изобразительных искусств Республики Карелия), на иконе письма мастера-старообрядца П. Тимофеева 1814 г. (Русский музей), на иконе первой половины XIX в. из деревни Чаженьга Каргопольского района Архангельской области (Третьяковская галерея). Именовался «Исидор Ливонский». Он облачён в красную фелонь и сине-зелёный подризник, обеими руками держит книгу.