В 1898 г. настоятель православного эстонского прихода в Санкт-Петербурге (учреждён 31 декабря 1894 г., богослужения первоначально совершались в подвале Малоколоменской Воскресенской церкви) священник Павел Петрович Кульбуш (впоследствии епископ Платон) и председатель общества религиозно-нравственного просвещения протоиерей Философ Орнатский основали православное эстонское братство в честь Исидора. Устав братства был утверждён 8 июня 1898 г., 29 ноября того же года состоялось открытие братства. В январе 1899 г. председателем его совета стал Гдовский епископ Вениамин (Муратовский), товарищем председателя – протоиерей Философ Орнатский, делопроизводителем – священник Павел Кульбуш. Председателями братства до 1917 г. были Гдовские епископы, викарии Санкт-Петербургской епархии (см. Гдовское викариатство). Задачами братства были забота о численном возрастании и укреплении православной эстонской паствы, издание и распространение духовной литературы на эстонском языке, устройство библиотек, помощь нуждающимся, возведение приходского храма. В 1902 г. в Коломне (район Санкт-Петербурга), где жило много православных эстонцев, трудившихся в Новом Адмиралтействе и на Балтийском заводе, началось возведение эстонского православного храма во имя Исидора. Первый взнос (300 руб.) ещё в марте 1895 г. сделал протоиерей Иоанн Кронштадтский, он присутствовал при закладке храма, позднее участвовал в работе комиссии по его постройке. В 1903–1904 гг. было окончено строительство братского дома, 21 декабря 1903 г. состоялось освящение временного храма во имя Исидора. К 1907 г. основные работы по возведению пятиглавого двухэтажного храма в русском стиле на 720 человек (автор архитектурного проекта – Александр Артемьевич Полещук) были окончены. 23 сентября 1907 г. Санкт-Петербургский и Ладожский митрополит Антоний (Вадковский) возглавил освящение центрального престола верхнего храма во имя Исидора, 30 марта 1908 г. нижний храм был освящён во имя Николая Чудотворца. Рядом с церковью были построены часовня во имя Николая Чудотворца и дом для церковноприходской школы. В 1910–1912 гг. работы по отделке храма продолжались. Богослужение в будние дни, ранние литургии в воскресенье и в праздники совершались в Свято-Исидоровской церкви на русском языке, всенощные бдения служились на русском и эстонском языках, поздние литургии – на эстонском языке, в богослужениях часто участвовал хор императорской Русской оперы во главе с М.П. Нийтом. В доме при храме действовали двухклассная эстонская церковноприходская школа на 120–130 человек, бесплатная библиотека, для которой в 1900 г. профессор Санкт-Петербургской духовной академии Александр Павлович Лопухин пожертвовал около сотни книг, лекторий, катехизаторская школа для взрослых, училище для безработных эстонских девушек, приют. При братстве существовали русский и эстонский любительские хоры, струнный квартет под управлением К.Ф. Кикаена. На эстонском языке издавались газета и книги духовно-нравственного содержания. К 1911 г. членами православного эстонского братства состояли 2453 человека.