В конце лета 453 г. против восставших были направлены войска во главе с комитом Дорофеем. Часть восставших попыталась оказать вооружённое сопротивление, и в районе Неаполя (ныне Наблус) воины убили много монахов. Большинство уцелевших бунтовщиков бежали из Палестины в пустыни Заиорданья либо к единомышленникам в Египет, где были сильны антихалкидонитские настроения. Феодосий некоторое время скрывался на Синае, затем попытался пробраться в монастырь Симеона Столпника в Сирии, но был схвачен и отправлен в заключение в Константинополь, умер в 457 г. Таким образом, Иувеналий вернулся в Иерусалим с помощью военной силы. На Соборе в Иерусалиме Иувеналий попытался сплотить все лояльные ему силы. Однако его положение в последующие годы оставалось сложным, поскольку недоверие к нему в палестинском обществе и церкви сохранялось. Иувеналий сместил всех рукоположенных Феодосием епископов и многих настоятелей монастырей, но был вынужден мириться с тем, что им открыто пренебрегали некоторые монахи и часть клира. Один из архимандритов Иувеналия, Геронтий, не скрывал враждебного отношения к Иувеналию, за глаза называл его Иудой, но оставался на своём посту до 484 г. От общения с Иувеналием некоторое время отказывалась и императрица Евдокия, но в 456 г., вероятно, поддавшись уговорам правящих родственников, императора Маркиана, Пульхерии, Валентиниана III и др., а также папы Льва и св. Симеона Столпника, умолявших её оставить евтихиан и вернуться в лоно соборной церкви, она решилась примириться с Иувеналием. Соглашение с Евдокией было важным достижением для Иувеналия, поскольку восстановление общения с ней продемонстрировало жителям Палестины высокий статус патриарха во властных сферах всей империи, доверие к нему и в Константинополе, и в Италии, что было особенно важно в связи с присутствием в Святой земле большого числа паломников-латинян. Вместе с Евдокией в православие возвратилась и значительная группа её приближённых и монахов, пользовавшихся её благодеяниями, что также должно было укрепить позиции Иувеналия. Отношение к Иувеналию в церкви за пределами Палестины также было неоднозначным. Так, папа Лев в письмах к Иувеналию (4 сентября 454 г., 1 сентября 457 г.), императору Маркиану, епископу Юлиану Косскому и, как полагают исследователи, к другим лицам неоднократно заявлял, что бедствия Иувеналия были вызваны его собственными ошибками и «легкомыслием». Помимо церковно-политической борьбы важной сферой деятельности Иувеналия было участие в повседневной жизни Святой земли, поддержка развития храмов, общин, паломничества и монашества. По мнению исследователей, большую заслугу Иувеналия можно видеть в том, что в первой половине V в. Палестина превратилась в крупнейший центр развития монашества, место активных контактов между аскетами греческого, латинского и семитского происхождения.