Во время обсуждения деяний Эфесского собора 449 г. Иувеналий, как и большинство других иерархов, ранее выступивших на стороне Диоскора, стремился доказать Собору, что в 449 г. он не был лидером, а подчинился влиянию Диоскора. На том же заседании, когда зачитывался Символ веры Флавиана Константинопольского, представленный им в 448 г., Иувеналий некоторое время колебался, подтвердить ли его православие. Наконец, во время чтения он встал с места и перешёл с правой стороны храма на левую, тем самым демонстративно показав свою солидарность с церковным большинством, и выступил против Диоскора. За Иувеналием последовали все палестинские епископы и часть египетских, так что вся партия Диоскора на Соборе была дезорганизована и осталась в меньшинстве. Тем не менее, в тот же день представители императора на Соборе заявили, что шесть руководителей Эфесского собора 449 г., в том числе Диоскор и Иувеналий, должны быть лишены епископского сана. Как и остальные обвинённые, Иувеналий был отстранён от заседаний и не присутствовал на второй и третьей сессиях Собора. Вопрос о судьбе Иувеналия и других отстранённых, кроме Диоскора, рассматривался Собором на четвёртой сессии 17 октября, после получения рескрипта от императора Маркиана, который оставлял это решение на усмотрение Собора. Иувеналий (как и остальные обвинённые) был допущен на заседание, вскоре полностью оправдан и вновь занял почётное место между епископами Антиохии и Фессалоники. 20 октября обсуждался спор между епископами Фотием Тирским и Евстафием Беритским, в результате было решено, что епископ Фотий имеет единоличное право поставлять епископов в этом регионе, а кафедра Берита получает права автокефальной архиепископии. Фактически это означало, что Финикия Первая, на которую претендовал Иувеналий, выводилась из юрисдикции ИПЦ. Находясь в сложном положении только что оправданного, Иувеналий не имел возможности отстаивать свои прежние притязания на провинции Финикии Первая и Вторая и Аравия. В то же время, согласившись с этой уступкой, Иувеналий сумел сохранить за собой все три провинции Палестины. 22 октября Иувеналий был введён в состав соборной комиссии для составления вероопределения, «халкидонского ороса». Исследователи полагают, что к этому моменту его высокое положение в церковной иерархии и авторитет были восстановлены почти полностью. Окончательное соглашение о разделе епархий между Иувеналием и Антиохийским патриархом Максимом было утверждено 26 октября (определённая им граница областей юрисдикции Антиохийской и Иерусалимской православных церквей сохраняется до настоящего времени). В конце 451 г., ещё до возвращения Иувеналия из Халкидона, в Палестине началось против него крупное восстание, во главе которого встало иерусалимское монашество монофизитской ориентации.