Исследователи отмечают и то, что грамоту, определявшую особый статус Супрасльского монастыря, Иосиф II выдал совместно с клиросом. Особую проблему для митрополита составляло положение православных на территории Галицкой епархии. Здесь православные мещане в городах не допускались ни в магистрат, ни в цехи, их правоспособность ограничивалась, они были стеснены в возможности совершать церковные обряды. На этой территории отсутствовали подчинённые митрополиту органы церковного управления. Грамотой 1509 г. король Сигизмунд I предоставил Львовскому католическому епископу право назначать наместников, которые управляли бы православным духовенством. В документе указывалось, что это делается для того, чтобы «легче» привести схизматиков к «христианской религии». По мнению исследователей, в ответ на этот акт Иосиф II с осени 1509 г. в исходивших от него документах стал именовать себя митрополитом не только Киевским, но и Галицким. Положение дел, по мнению исследователей, обсуждалось на Виленском соборе, где присутствовали епископы Перемышльский и Холмский. После Собора, в 1510 г., Иосиф II направил Холмского епископа Филарета (Терновского) для «визитации» православных храмов Галицкой епархии. Здесь по приказу Львовского архиепископа Бернарда архиепископ Филарет был арестован, освобождён лишь после вмешательства короля в начале 1511 г. Установленный порядок не был изменён, но всё же 2 апреля 1511 г. Сигизмунд I предписал направлять православных священников с территории Галицкой епархии для рукоположения к православному Холмскому епископу. Борьба православных за свои права в Галицкой Руси усиливалась, и при поддержке Константина Ивановича Острожского им удалось добиться определённых успехов. По королевскому постановлению 1521 г. православные мещане Львова получили право приносить присягу в своём храме и выступать свидетелями в суде. За Львовским магистратом сохранялось право назначать священников в «русские церкви», но при этом власти города должны были считаться с мнением православной общины. Православные священники получили право посещать больных со Святыми Дарами и провожать умерших в церковных облачениях. Особым покровительством Иосифа II пользовался Супрасльский монастырь. К началу 1510 г. игумен Пафнутий (Сегень) получил у Сигизмунда I разрешение построить при обители, где уже существовал освящённый в 1503 г. деревянный собор, каменный храм в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, который был освящён Иосифом II. 15 октября 1510 г. (по мнению А.В. Мироновича, каменный собор начал строиться в 1503 г.). В тот же день Иосиф II, «помовивши» с братией и ктитором обители А. Ходкевичем, дал монастырю общежительный устав, что не было в то время обычным для монастырей в Великом княжестве Литовском. Митрополит пожертвовал монастырю своё имение Топилец и обращался позднее (в 1511 и 1513 гг.) ко ктитору А. Ходкевичу и к королю с просьбами о защите этого имения от посягательств соседей. В 1514 г., во время заседаний Собора в Вильно, Иосиф II, посоветовавшись с участниками Собора, особой грамотой освободил Супрасльский монастырь от митрополичьего суда и уплаты пошлин в митрополичью казну, оставив за собой лишь суд над игуменом и надзор за соблюдением монастырского устава.