Первые годы управления Иосифом II Киевской митрополией отмечены значительными усилиями по упорядочению церковной жизни и укреплению автономии церкви перед лицом светской власти. С этой целью на Рождество Христово в 1509 г. в Вильно был созван Собор, в котором участвовали все епископы, настоятели монастырей и протопопы из белорусской части митрополии (кроме них на Соборе присутствовал архимандрит Киево-Печерского монастыря), рядовые священники. Ряд важных решений Собора был направлен на укрепление дисциплины и порядка в церковной жизни. Так, правила устанавливали, что епископы без возражений должны являться на Соборы, созываемые митрополитом (следующий Собор был созван в 1514 г. также в Вильно). Устанавливался порядок, при котором священник или настоятель монастыря мог быть смещён с должности. Клирика, совершившего проступок, следовало сначала отстранить на время, и, если он не исправится, епископ «соборне со своим крылосом» должен был запретить ему служить. Такой порядок должен был уберечь священнослужителей от несправедливых решений. Одновременно предписывалось запретить служение клирику, который получил сан, утаив грехи от духовного отца. Епископам предписывалось не принимать священников и монахов из других епархий без отпускных грамот. Запрещалось рукополагать во иерея дьякона из иной епархии без отпускной грамоты и рекомендации своего архиерея. Иеромонахам запрещалось служить без благословения епископа. Не разрешалось совершать богослужение вдовым священникам. Был подтверждён запрет на общение с отлучёнными от церкви. Инициаторы решений Собора понимали, что непорядки в церковной жизни были в значительной степени связаны с тем, что священники во многих случаях больше зависели от светских патронов (часто иного вероисповедания), чем от епископов, и миряне стремились эту зависимость усилить. Борьба, целью которой стала защита церковной автономии от вмешательства светских лиц, была начата в 1490 гг., при создании западнорусской редакции «Устава Ярослава» и её утверждении великим князем Александром. Продолжением этой борьбы стали решения Виленского собора, принятые по инициативе Иосифа II. В решениях устанавливалось, что, если священник по приказу светского патрона начнёт служить без благословения епископа, он будет лишён сана. Принимая такое постановление, отцы Собора стремились сохранить контроль архиерея за назначениями на приходы. Такой цели служило и другое решение Собора, в котором говорилось, что если ктитор в течение трёх месяцев будет держать церковь без священника, то епископ сам поставит туда священника. Так отцы Собора старались положить конец попыткам светских патронов оставлять на неопределённое время храмы без священников, чтобы беспрепятственно пользоваться доходами с принадлежащего храмам имущества. Другие решения были направлены на то, чтобы оградить священнослужителей от произвола светских патронов. Если иерей совершит проступок, то о его «вине» должен быть поставлен в известность епископ, который «соборне» рассмотрит вопрос и примет решение. Если патрон самовольно удалит священника, новый священник на этот приход не будет поставлен.