20 ноября 1849 г., согласно прошению, «в целях поправления здоровья» Иоанникий был переведён в Ставрополь епископом Кавказским и Черноморским. Считается, что перевод на Кавказ состоялся после конфликта Иоанникия с влиятельным протоиереем Д. Субботиным, который жаловался на «пристрастность» Иоанникия обер-прокурору Синода графу Николаю Александровичу Протасову. Иоанникий уволил Д. Субботина за штат за пьянство и другие проступки, а тот впоследствии отзывался об Иоанникии как о корыстолюбивом «человеке очень ограниченных умственных способностей». В октябре 1850 г. в Ставрополе Иоанникий встречал наследника престола будущего императора Александра II, совершавшего путешествие по Кавказу. По ходатайству Иоанникия в 1851 г. указом Синода был открыт ставропольский Иоанно-Мариинский женский монастырь. Архиерей обратился к своему предшественнику на Кавказской кафедре епископу Полтавскому Иеремии (Соловьёву) с просьбой назначить «из Полтавских женских монастырей двух благонадёжных монахинь для водворения в новоустроенной общине иноческих порядков». Из Ладинского Прилуцкого в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастыря в Ставрополь прибыли монахини Серафима и Нафанаила. При Иоанникии в Ставрополе был возведён и 12 мая 1850 г. освящён каменный храм во имя Георгия Победоносца, в 1852 г. при училище св. Александры устроена домовая церковь во имя св. праведной Елисаветы. 30 октября 1857 г. по собственному прошению Иоанникий был уволен на покой в нежинский в честь Благовещения Пресвятой Богородицы монастырь. Служил в храмах города Нежина; последнюю службу совершил в 1874 г. Поскольку до постройки Курско-Киевской железной дороги путь из Киева в Москву и Санкт-Петербург лежал через Нежин, и здесь же проходила дорога в южные и западные края империи, то к «нежинскому старику» заезжали многие архипастыри и высокопоставленные лица, отмечавшие братское радушие и гостеприимство архиерея. В последние годы жизни Иоанникий очень плохо видел и почти не выходил из кельи. Скончался на Страстной седмице. Отпевание Иоанникия в четверг Светлой седмицы по пасхальному чину совершил епископ Черниговский и Нежинский Серапион (Маевский) в сослужении духовенства. Погребён в Сретенском приделе Благовещенского соборного храма монастыря рядом с могилой греческого епископа Михаила. После кончины Иоанникия было найдено около 25 рукописных проповедей разных лет. 14 из них подписаны суказанием даты и места их произнесения, в том числе Слова, произнесённые в Чернигове на пассиях 1818–1819 гг. и в пя ток первой недели Великого поста с подписью: «Учитель Иван Образцов»; две проповеди, произнесённые в Могилёве в 1825 г., два Слова, сказанные в Санкт-Петербурге в 1830 г. Сохранились также две проповеди, произнесённые в период пребывания на Кавказской кафедре, в том числе речь от 8 февраля 1851 г., «сказанная в Александрийском девичьем приюте по случаю присланной в дар иконы св. мученицы царицы Александры... императрицею Александрою Федоровною». Впоследствии были напечатаны прощальная речь к вятской пастве и Слово в день Христова Воскресения.