Синод согласился с последним заключением и указом от 22 мая 1838 г. повелел «к находящимся в Оренбургской губернии магометанам миссии для обращения их в Христианство не назначать, равно не учреждать формальной миссии и для язычников, по незначительному их числу и засеянному их жительству между крещеными сородичами, а вместо того поручить токмо местным священникам, в приходах коих таковые непросвещенные имеются, стараться обратить их к Христианской вере по пастырской своей обязанности». В 1848 г. вопрос об устройстве миссии в епархии был поднят вновь в связи с поручением императора Николая I правительству принять меры к обращению язычников, не допуская при этом насилия. В ответ на запрос Синода от 30 ноября 1848 г. о положении дела с просвещением «идолопоклонников» в епархии Иоанникий сообщил, что за десять лет крещено до 1816 человек. В 1840 г. состоялось преобразование Уфимской духовной семинарии и мужских духовных училищ в Уфе, Челябинске и Бугульме. Программа семинарии была значительно расширена. Духовные училища подверглись реорганизации: вместо двух училищ (приходского и уездного) с двухгодичным обучением в каждом открылось одно, состоявшее из трёх отделений (низшего, среднего и высшего) с двухгодичным курсом в каждом; в число изучаемых предметов включили краткий курс гражданской русской истории. В 1843 г. в главном зале Уфимской духовной семинарии и смежной с ним комнате была устроена церковь во имя Иоанна Златоуста, освящённая Иоанникием 11 ноября 1844 г. Было построено новое каменное здание Челябинского духовного училища (1848 г.); Иоанникий стал одним из инициаторов открытия впоследствии духовного училища в городе Оренбурге. По его инициативе состоялось упразднение духовного правления в городе Бугульме (1849 г.). Во время эпидемии холеры в губернии (1848 г.) помимо регулярных молебнов перед Уфимской иконой Божьей Матери в кафедральном соборе Иоанникий совершил крестный ход вокруг города с чудотворной иконой, и, по свидетельству современников, Уфа почти не пострадала от эпидемии. Иоанникий разрешил жителям Стерлитамака принести в город Табынскую икону Божьей Матери и совершать с ней молебны в храмах и в домах. В память об избавлении от «губительной болезни» горожане решили ежегодно приносить Табынскую икону в девятую пятницу после Пасхи. Жители селений Стерлитамакского уезда с разрешения Иоанникия брали в 1848 г. Табынскую икону Божьей Матери, что привело к появлению традиции совершения многодневных крестных ходов по уезду с чудотворным образом. С 1848 г. в Оренбурге от холеры и других эпидемий погибли тысячи жителей, что в 1856 г. подвигло горожан, подобно гражданам Стерлитамака, просить архипастыря разрешить приносить в город Табынскую икону; эпидемии холеры в Оренбурге прекратились. С 1856 г. протяжённость крестного хода возросла, поскольку Синод разрешил ежегодное изнесение чудотворного образа из Табынского в Стерлитамакский, Оренбургский и другие уезды. Икона прославилась множеством чудотворений.