В 1845 г. в епархии было образовано особое благочиние единоверческих церквей, число которых к 1849 г. достигло 23. Благодаря усилиям Иоанникия в 1849 г. бывший мужской Юрюзанский старообрядческий скит (близ Кусинского завода Челябинского уезда) был преобразован в Златоустовский единоверческий Воскресенский мужской монастырь. Обитель вела миссионерскую работу среди беглопоповцев Златоустовского, Саткинского заводов и примыкающих к ним деревень Челябинского уезда. В 1838 г. вблизи села Айлина Челябинского уезда стала действовать и женская единоверческая община в честь Тихвинской иконы Божьей Матери, преобразованная из женского старообрядческого скита (официально утверждена и принята в духовное ведомство лишь в 1903 г.). При Иоанникии успешно завершилось начатое ещё в 1830 г. преобразование старообрядческой Успенской часовни в городе Уральске в единоверческую церковь. Согласно пожеланиям местных старообрядцев, назначаемые к ним священники должны были происходить из казачьего сословия или из единоверцев, дела решались не местным духовенством, а непосредственно епископом, а литургия совершалась на древнем антиминсе, не позднее времени патриаршества Иосифа. Устроение и освящение 5 февраля 1846 г. Успенской единоверческой церкви в городе Уральске составили целую эпоху в деле возвращения уральского казачества в лоно православной церкви и «послужили базисом и исходным началом» для последующих миссионерских трудов. Несмотря на то что тенденция присоединения к православию сохранялась и в 1840 гг. (в среднем по 873 человека в год), численность старообрядцев в 1843–1849 гг. возросла в губернии в два с половиной раза (до 38 тыс. человек). Исследователи полагают, что в связи с этим по представлению Оренбургской палаты государственных имуществ 15 марта 1847 г. было принято Высочайшее решение о создании в Уфе Секретного совещательного комитета о раскольниках и об отступниках от православия. Помимо Иоанникия в состав комитета вошли гражданский губернатор, управляющий Палатой государственных имуществ и жандармский штаб-офицер. Совещание приняло ряд мер, в частности, запретило приём в Оренбургское казачье войско старообрядцев из податных сословий, запретило духовенству венчать «раскольников» (в случае смешанных браков), содействовало укреплению единоверия. Уже во время первого обозрения епархии (1836 г.) Иоанникий обратил внимание на большое число некрещёных черемисов, вотяков, тептярей и чувашей, проживающих в Бирском, Уфимском, Стерлитамакском и Белебеевском уездах, 30 сентября 1836 г. ходатайствовал перед Синодом об учреждении официальной миссии для обращения язычников. Однако когда по предоставленным Оренбургской казённой палатой сведениям выяснилось, что общее число язычников в губернии якобы не превышает 3 тыс. человек обоего пола (в действительности их было около 60 тыс. человек), рапортом от 15 марта 1838 г. Иоанникий представил в Синод новое мнение – о нецелесообразности учреждения миссии, возложив эту обязанность на приходских священников.